+ Trước đây, khi Thông tư liên tịch số 144 chưa được ban hành (Thông tư này được áp dụng thực hiện tháng 1/2008), công tác cấp phát kinh phí được thực hiện theo Thông tư liên tịch số 88 ban hành năm 2001 có rất nhiều bất cập, chưa hợp lý. Bộ GD&ĐT không được quyền tự chủ về kinh phí ngay từ đầu năm mà được nhận kinh phí theo mức trần do Bộ Tài chính quy định mỗi đợt khi đã sử dụng hết đã gây rất nhiều khó khăn cho công tác cấp phát. Thời gian chờ đợi kinh phí được cấp khá lâu, trong khi đó việc giải ngân kinh phí cho các sinh viên phải thực hiện thường xuyên liên tục, vì vậy nhiều khi dẫn đến tình trạng chờ đợi, ảnh hưởng tới quá trình học tập và sinh hoạt của snh viên. Mặt khác, thông tư chưa có quy định mức cấp phát kinh phí cho các cơ sở trong nước thực hiện theo hình thức phối hợp đào tạo với các cơ sở nước ngoài, chính sách khen thưởng, hỗ trợ rủi ro kinh phí cho các sinh viên… gây nhiều hạn chế trong công tác quản lý sử dụng tài chính.
+ Thông tư liên tịch số 144 ban hành thay thế đã khắc phục được hạn chế của Thông tư số 88, tuy nhiên vẫn còn một số điểm chưa hợp lý về mức chi khen thưởng cho các sinh viên hoàn thành khóa học trước thời hạn, được miễn giảm học phí. Việc xét khen thưởng bằng tiền không có tiêu chí cụ thể, nếu thực hiện theo quy định tại Thông tư mức thưởng quá lớn, so với mức khen thưởng đối với các sinh viên đạt giải NCKH, olympic quốc tế, thủ khoa các trường ĐH thì có sự không công bằng và gây nhiều tranh cãi. Cần phải có sự điều chỉnh lại mức chi này theo quy định khen thưởng của Nhà nước đã ban hành.