Ngày 21/08/1983 Bộ Giao thông vận tải ban hành quyết định số 1561/QĐ-TC về việc chuyển các đại lý vận tải về Tổng cục đờng biển quản lý. Do vậy, mặc dù chức năng, nhiệm vụ không đổi, Công ty đợc đổi tên thành Công ty Đại lý vận tải đờng biển II trực thuộc Tổng cục đờng biển. Trong thời kỳ này công ty đã tham gia vận tải phục vụ các công trình lớn nh: thiết bị nhà máy sợi Huế, nhà máy bia Đà Nẵng ....
Với việc thực hiện Quyết định 25/CP (1981) của Chính phủ cho phép DNNN thực hiện ba phần kế hoạch A, B, C, hoạt động kinh doanh vận tải của Công ty trong thời kỳ này đã mất thế độc quyền đợc Trung ơng bao cấp nhiều năm, do đó đây là thời kỳ khó khăn nhất của đơn vị, Công ty mất dần lợi thế kinh doanh. Do tồn tại lâu trong môi trờng trì trệ của cơ chế bao cấp, Công ty tụt hậu gần nh toàn diện các lĩnh vực, trong đó quan trọng nhất là năng lực phơng tiện vận tải bị xuống cấp trầm trọng do cũ kỹ lạc hậu không đợc đầu t đúng mức, nhiều phơng tiện không thể tiếp tục sử dụng đợc. Nguồn vốn cố định đến cuối năm 1988 của Công ty chỉ vỏn vẹn có 290 triệu đồng với hầu hết là giá trị tài sản còn lại sau chiến tranh, vốn lu động hoàn toàn không đợc cấp, doanh thu chỉ đạt 300 triệu đồng/năm. Năng lực và đội ngũ cán bộ của công ty giai đoạn này vừa yếu, lại vừa thiếu, sản xuất kinh doanh lãi giả, lỗ thật, nội bộ mất đoàn kết nghiêm trọng, Công ty có nguy cơ phá sản do chậm thực hiện đổi mới, không thích nghi với kinh doanh theo cơ chế thị trờng có nhiều thành phần kinh tế tham gia.