Kí hiệu phụ là kí hiệu đưa thêm vào tăng cường cho thành tố biểu âm để xác định đó là chữ Nôm, đồng thời cũng giúp cho người đọc dễ nhận biết âm đọc của chữ hơn [100, tr92]. Tác giả Hoàng Xuân Hãn đánh giá những kí hiệu cự, cá, sau chuyển thành nháy cũng chỉ là những kí hiệu phụ [46]. Tác giả Nguyễn Quang Hồng dựa trên quan điểm đó chứng minh nhiều mã chữ mang những kí hiệu cá, nháy là những kí hiệu phụ [58].
Theo sự gợi ý của các học giả đi trước, qua khảo sát trên văn bia, chúng tôi nhận thấy rằng, kí hiệu 順cự, 順cá được sử dụng trên văn bia phần nhiều giữ vai trò là kí hiệu phụ. Bên cạnh đó còn có các ký hiệu phụ được sử dụng trên văn bia là < nháy, 順
đa, 順 khẩu, 順 tư, nhưng xuất hiện nhiều nhất là kí hiệu 順 cá và <nháy. Ngoài kí hiệu < nháy ra, các kí hiệu còn lại vốn là những chữ Hán, đưa thêm vào bên phải một chữ Hán khác (hoặc một chữ Nôm), tuy nhiên khi không được sử dụng làm thành tố biểu âm hoặc biểu nghĩa trong chữ Nôm thì chúng chỉ có chức năng là một kí hiệu phụ. Hiện tượng ghép một chữ Hán với một kí hiệu phụ hiện chúng tôi tìm thấy xuất hiện trên văn bia từ thế kỷ XVI, nhưng với số lượng hết sức ít ỏi. Trên văn bia thế kỷ XVII – XVIII, chữ Nôm mang kí hiệu phụ được sử dụng mang tính phổ biến, có thể nói là thịnh hành. Có văn bia khắc rất nhiều tên người bằng chữ Nôm bằng cách gia thêm kí hiệu phụ. Ví dụ:
武 氏束‹ Vũ Thị Thóc, 段文馬䊷 Đoàn Văn Mẽ, 阮氏弄‹Nguyễn Thị Lồng, Chính Hòa 20 (1699), N08001/8003; 高 氏 Cao Thị Rán , 阮 氏 Nguyễn Thị Vàng, Vĩnh Thịnh thứ 2 (1706), N0 11122/11123; 黃氏足䊷 Hoàng Thị Tốc ,阮氏安䊷 Nguyễn Thị An, 阮氏丙䊷 Nguyễn Thị Biếng, Vĩnh Thịnh thứ 6 (1710), N09549/9550. Hoặc dùng trong trường hợp chữ Nôm ghi tên đất như:
一所䊷買䊷處田一高 Nhất thửa Cầu Mới xứ điền nhất sào, Vĩnh Thịnh thứ 7 (1711), N03439/3440
Tuy vậy, cách ghi chữ Nôm bằng cách thêm kí hiệu phụ lại giảm dần ở thế kỷ XIX và XX.
Nhìn suốt quá trình phát triển của chữ Nôm trên văn bia, chúng tôi nhận thấy các kí hiệu phụ không xuất hiện cùng một lúc với số lượng và mật độ như nhau mà lần lượt xuất hiện mang tính chất bổ sung cho nhau. Ban đầu, các kí hiệu 順Cá, 順Cự là thành tố thứ nhất của tổ hợp phụ âm đầu, về sau các thành tố chỉnh âm đầu có thể thay
thế cho nhau khi đứng vào vị trí bên phải một chữ Hán, tức giữ vai trò là một kí hiệu phụ. Nếu nhìn toàn bộ quá trình phát triển của chữ Nôm thì rõ ràng các loại thành tố này đều có chung chức năng văn tự giống nhau (tức đều có tác dụng chỉnh âm trong chữ Nôm).