Mạch polypeptit qua lớp lipíd kĩp lă 7 gập cuộn xoắn alpha. Vị trí của chromophore vă con đờng có thể đa câc proton trong chu trình hoạt hoâ một chu kỳ bơm bằng ânh sâng đê đơc chỉ trong hình. Khi đợc hoạt hoâ bằng một photon, chromophore cho qua một ion H+ đến mạch nhânh của axit aspartic 85, tiếp theo lă 3 chất vận chuyển khâc đ ể hoăn thănh chu trình vận chuyển H+ từ axit aspartic đến mặt ngoăi tế băo. Từ axit aspartic 96 đến chromophore vă từ cytosol đến axit aspartic 96.(Xem H. 1-30).
Để hiểu đợc chức năng của protein vận chuyển multipass một câch chi tiết, cần phải hiểu đợc một câch chi tiết vị trí phđn tử bằng câch nghiín cứu quang phổ tia X ba chiều của phđn tử protein. Do bản chất có cực của chúng, câc phđn tử năy cực kỳ khó kết tinh. Số lớn câc phđn tử bacteriorhodopsin ở trong măng đốm đợc sắp xếp câc tinh thể planar 2 chiều, điều đó tạo ra khả năng xâc định cấu trúc 3 chiều của chúng vă hớng trong măng nhô ra giải 0,3 nm theo một h- ớng khâc, chúng dợc sử dụng nh lă sự kết hợp kính hiển vi điện tử vă phđn tích nhiễu xạ tia X. Nh đê giải thích trong H. 1-31, câc nghiín cứu năy đê chỉ ra rằng, mỗi phđn tử bacteriorhodopsin đê đợc gập thănh 7 cuộn xoắn alpha, Mỗi cuộn chứa 25 axit amin ), chúng xuyín qua lớp lipid kĩp. Bacteriorhpdopsin lă một thănh viín của đại gia đình protein của măng có cấu trúc tơng tự nhng khâc nhau về chức năng. Protein tiếp nhận ânh sâng rhodopsin trong tế băo que của võng mạc mắt động vật có xơng sống. Ví dụ: nhiều protein tiếp nhận trín mặt tế băo liín kết với câc phđn tử tín hiệu bín ngoăi tế băo cũng uốn gập thănh 7 cuộn xoắn alpha qua măng. Chức năng của protein năy nh lă chất chuyển nạp tín hiệu hơn lă một chất vận chuyển. Mỗi một đâp ứng đối với một tín hiệu bằng câch hoạt hoâ câc protein ở phía trong tế băo, nó sản sinh ra câc tin hiệu hoâ học ở trong băo tơng.
3.1.7 Câc protein măng th ờng hoạt động nh lă một tổ hợp phức tạp.
Cấu trúc của protein vận chuyển qua măng phức tạp nhất đê đợc nghiín cứu bằng nhiễu xạ tia X lă trung tđm phản ứng quang hợp của vi khuẩn. Cấu trúc
nguyín tử của nó đê đơc giải quyết 1985. Đđy lă protein vắt qua măng đầu tiín đợc kết tinh vă nghiín cứu bằng nhiễu xạ tia X. Kết quả phđn tích năy lă rất quan trọng đôi với măng tế băo vì lần đầu tiín nó đê chỉ ra một multipolypeptide có thể kết hợp với nhau nh thế năo trong măng để tạo thănh một bộ mây protein phức tạp (H. 1-32 ). Trong chơng sau chúng tôi sẽ thảo luận phức hợp quang hợp đa chức nêng thu thập nêng lợng ânh sâng vă sử dụng để bơm H+ qua măng. Protein măng thờng sắp xếp trong một tổ hợp lớn để không chỉ thu thập đợc một số năng lợng lớn, mă còn mă còn chuyển câc tín hiệu từ ngoăi tế băo văo trong tế băo.
3.1.8 Định vị mô hình của protein xuyín qua măng có thể tiín đoân từtần số gấp xuyín qua măng của nó. tần số gấp xuyín qua măng của nó.
Xâc định cấu trúc 3 chiều của một protein măng hoặc định vị mô hình phđn tử của nó (topology) nói chung lă khó hơn rất nhiều so với xâc định trình tự amino acid của nó, chúng có thể đợc thực hiện sắp xếp protein hay gen của nó. Hăng ngăn trật tự đê biết cho protein măng, nhng tơng đối ít cấu trúc 3 chiều đê đợc xâc định nhờ nhiễu xạ tia X hay quang phổ công hởng từ nhđn (NMR spectroscopy). Sự có mặt của câc đoạn đứt gêy hơn 20 gốc thđn dầu trong protein măng lă sự thật hiển nhiín rằng câc đoạn năy đi xuyín qua lớp lipid kĩp, hoạt động nh lă mỏ neo thđn dầu hay tạo ra một kính thđn dầu. Hầu nh tất cả protein xuyín qua măng ít nhất có một lần qua măng. Ap dụng logic năy văo toăn bộ câc tần số genom dẫn đến kết luận rằng trong nhiều loăi, 10%-20% protein lă protein xuyín qua măng.