Để khắc phục những hạn chế và bất cập của Luật DNNN năm 1995, ngày 26/11/2003 Quốc hội đã thông qua Luật DNNN. Luật này có mục tiêu gắn DNNN với thị trường, xoá bao cấp, tạo cạnh tranh bình đẳng, tự chịu trách nhiệm trong sản xuất, kinh doanh...Tuy nhiên, vẫn còn có một số quy định của Luật DNNN mới thiếu nhất quán.
Theo quy định tại Điều 30 khoản 2 điểm d Luật DNNN năm 2003, đối với Công ty nhà nước có Hội đồng quản trị (HĐQT), thì HĐQT có quyền quyết định cử đại diện phần vốn góp của Công ty ở doanh nghiệp khác. Tuy nhiên, Điều 41 khoản 3 của Luật này lại quy định Tổng Giám đốc có nhiệm vụ và quyền hạn: "đề nghị HĐQT bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức, ký hợp đồng, chấm dứt hợp đồng, khen thưởng, kỷ luật, quyết định mức lương của Phó Tổng Giám đốc, kế toán trưởng Công ty; quyết định cử người đại diện phần vốn góp của Công ty ở doanh nghiệp khác". Với quy định này, Tổng Giám đốc có quyền cử người đại diện phần vốn góp của Công ty ở doanh nghiệp khác. Tuy nhiên, Điều 41 khoản 3 không chỉ mâu thuẫn với Điều 30 khoản 2 điểm d nói trên mà còn không phù hợp với chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của Tổng Giám đốc. Theo Điều 38 và Điều 40 của Luật DNNN, thì Tổng Giám đốc do HĐQT tuyển chọn, bổ nhiệm, miễn nhiệm hoặc ký hợp đồng, chấm dứt hợp đồng sau khi được người quyết định thành lập Công ty chấp thuận. Tổng Giám đốc là đại diện theo pháp luật, điều hành hoạt động hàng ngày của Công ty theo mục tiêu, kế hoạch, phù hợp với điều
lệ Công ty... Mặt khác, cũng theo quy định của Luật DNNN năm 2003, HĐQT là cơ quan đại diện trực tiếp chủ sở hữu nhà nước tại Tổng Công ty nhà nước, Công ty độc lập có HĐQT, có quyền nhân danh Công ty để quyết định mọi vấn đề liên quan đến việc xác định và thực hiện mục tiêu, nhiệm vụ và quyền lợi của Công ty. Do vậy, chỉ có đại diện chủ sở hữu nhà nước tại Công ty mới có quyền cử người đại diện. Việc Tổng Giám đốc cử người đại diện quản lý phần vốn góp của Công ty (vốn nhà nước) tại doanh nghiệp khác càng không phù hợp trong trường hợp Tổng Giám đốc là người được HĐQT thuê để điều hành hoạt động hàng ngày của Công ty theo hợp đồng lao động.