Theo Nghị định 153/2004/NĐ-CP về tổ chức quản lý tổng công ty nhà nước (TCTNN) và chuyển đổi TCTNN, công ty nhà nước độc lập theo mô hình công ty mẹ - con, việc chi phối của TCTNN với các công ty thành viên chủ yếu dựa trên vốn góp chi phối, cổ phần chi phối của công ty mẹ vào công
ty con. Nếu muốn khống chế tốt công ty con, tỷ lệ vốn đầu tư của công ty mẹ vào công ty con sẽ phải trên 51%. Có nghĩa là khi tiến hành cổ phần hoá các công ty thành viên, các TCTNN hiện nay phải nắm giữa trên 51% số cổ phần để đảm bảo được công ty đã sẽ trở thành công ty con sau khi chuyển đổi. Quy định như vậy là chưa hợp lý. Bởi vì sau khi cổ phần, công ty con vẫn là doanh nghiệp nhà nước và được hoạt động theo Luật Doanh nghiệp. Theo Luật này, tỷ lệ thông qua khi biểu quyết trong đại hội cổ đông là từ 51% trở lên. Và thực tế cho thấy với 51% vốn điều lệ, chỉ cần Tổng công ty biểu quyết là đủ, không cần đến phiếu biểu quyết của 49% vốn điều lệ của các cổ đông khác. Theo cách hiểu này, việc cổ phần hoá các doanh nghiệp thành viên sẽ mất đi ý nghĩa vốn có của nó, không thu hút được nguồn vốn đầu tư của nhân dân vào doanh nghiệp cổ phần hoá.
Do vậy, Chính phủ cần sớm ban hành văn bản hướng dẫn bất cập này để đẩy nhanh tiến độ cổ phần hoá của các DNNN, tránh việc lợi dụng để lấy cớ kéo dài, trì hoãn việc cổ phần hoá, thậm chí mưu đồ các lợi ích cục bộ, cá nhân.
Một vấn đề nữa trong mô hình công ty mẹ - con hiện nay là chế quản lý tài chính của Việt Nam mới cho phép việc đầu tư vốn 1 chiều, từ công ty mẹ tới các công ty con mà không có hình thức đầu tư chéo giữa các công ty con với nhau. Thiết nghĩ cần có văn bản hướng dẫn việc đầu tư chéo giữa các công ty con để tạo sự liên kết chặt chẽ trong mô hình công ty mẹ - con.
3.1.2. Sự can thiệp hành chính của các cơ quan đại diện chủ sở hữu nhà nước và việc quyết định nắm giữ cổ phần chi phối của Nhà nước ở