Chùa Liên Phái nằm trong ngõ Liên Phái, phố Bạch Mai, quận Hai Bà Trưng. Chùa do Trịnh Thập là cháu Trịnh Tráng (1623 - 1657) bỏ tiền xây dựng, gọi tên là chùa Liên Tông. Sau khi tu ở chùa Yên Tử (Quảng Ninh), Trịnh Thập về tu ởđây tức là thượng sĩ Lân Giác, vị tổ thứ nhất của chùa. Đến đời Thiệu Trị (1841 - 1847), chùa gọi là Liên Phái.
Liên Phái là một ngôi chùa lớn có bố cục mặt bằng gần vuông với kiến trúc chính nằm trên một trục nằm theo hướng đông - tây: Phía tây là toà tháp mười tầng, qua một khoảng sân đến một nhà bia hình chữ nhật, tiếp đến là kiến trúc tiền đường với tam bảo, qua một sân nhỏ là 11 gian nhà tổ, phía sau là vườn tháp. Hai bên trục kiến trúc chính là nhà hạ (tăng phòng), các toà pháp bảo, điện thờ mẫu, nhà trai và nhà khách.
Theo bản vẽ của Lu-i-bê-đa-xi-ê, trước đây ở quanh chùa có 30 ngọn tháp, nay chỉ còn tập trung ở vườn tháp sau chùa. Đáng chú ý nhất là ngọn tháp cửu phẩm ở trước chùa, một kiến trúc đáng chú ý vào bậc nhất trong các ngôi chùa ở Hà Nội. Khu vườn tháp phía sau có chín tháp chia thành ba hàng. Hàng giữa có một ngọn tháp bằng đá xanh, hình tứ giác, có năm tầng, phía trước ghi ba chữ Hán "Cửu Sinh tháp". Qua trang trí cánh sen ở chân tháp cho thấy đây là ngôi tháp cổ nhất ở khu vực chùa (nghệ thuật chạm khắc ở thế kỷ thứ XVIII).
Chùa Liên Phái đã qua nhiều lần trùng tu sửa chữa nhưng vẫn còn lưu giữđược nhiều tác phẩm kiến trúc, nghệ thuật đẹp từ thời hậu Lê đến thời Nguyễn. Khối lượng di vật đồ sộở chùa là nguồn tư liệu quí giá trong việc tìm hiểu lịch sử văn hoá nước nhà.