Hiện nay, một số chính sách đã ban hành từ trước khi Luật Đất đai năm 2003 có hiệu lực thi hành nhưng vẫn đang được tiếp tục áp dụng, điều này đã dẫn đến trên cùng một địa bàn, cùng một nội dung cơng việc nhưng lại có hai cơ chế cùng chi phối dẫn đến khơng thống nhất, khó khăn trong tổ chức thực hiện, điển hình là:
- Việc bán nhà thuộc sở hữu nhà nước: ngày 05/7/1994 Chính phủ ban hành Nghị định số 61/CP về việc bán nhà thuộc sở hữu nhà nước, phạm vi của chính sách này là nhà nước bán nhà thuộc sở hữu nhà nước cho người đang thuê, trong đó thành phần chủ yếu là cán bộ, cơng nhân viên chức có thu nhập thấp, khó khăn về nhà ở với mức thu tiền sử
dụng đất, tiền bán nhà bằng 40% tiền sử dụng đất theo giá đất do UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định; từ khi triển khai thực hiện, giá đất tính thu tiền sử dụng đất là giá đất do UBND cấp tỉnh ban hành theo Nghị định 87/CP ngày 17/8/1994 của Chính phủ; cơ chế này đã được thực hiện trong hơn 10 năm, giúp cho hàng vạn hộ gia đình được ổn định chỗ ở.
Thi hành Luật Đất đai năm 2003, từ ngày 01/01/2005 các địa phương đã ban hành và áp dụng giá đất mới theo quy định tại Nghị định số 188/2004/NĐ-CP ngày 16/11/2004 của Chính phủ về phương pháp xác định giá đất và khung giá các loại đất; giá đất mới được ban hành trên nguyên tắc sát với giá chuyển nhượng thực tế trên thị trường trong điều kiện bình thường, và thực tế là từ đầu năm 2005 các địa phương đã điều chỉnh
giá đất tăng từ
2 đến 7 lần so với giá trước đó. Áp dụng giá đất do các địa phương ban hành theo Nghị định số 188/2004/NĐ-CP của Chính phủ để tính thu tiền khi bán nhà thuộc sở hữu nhà nước theo Nghị định 61/CP là phù hợp với quy định hiện hành của pháp luật, nhưng sẽ dẫn đến sự mất công bằng giữa người được mua trước và người mua sau vì người mua sau sẽ phải trả tiền tăng tương ứng với mức tăng giá đất so với người mua trước, và sẽ có nhiều hộ gia đình khơng có đủ điều kiện về kinh tế để mua nhà; nhưng nếu thực hiện theo giá cũ thì lại trái với quy định của Luật Đất đai năm 2003. Thực tế hiện nay các địa phương vẫn đang tiếp tục thực hiện bán nhà theo Nghị định 61/CP, nhưng giá tính thu tiền sử dụng đất lại khác nhau có nơi theo giá cũ, có nơi theo giá mới.
- Các khoản thuế, lệ phí liên quan đến đất: theo quy định hiện hành, các khoản thuế, lệ phí nhà nước thu liên quan đến đất, giá đất bao gồm: thuế sử dụng đất, thuế chuyển QSDĐ, lệ phí trước bạ; cơng thức tính đối với các khoản thu này là:
Số tiền thuế, lệ phí phải nộp = diện tích đất X giá đất X thuế suất.
Các chính sách này đã được ban hành và thực hiện nhiều năm nay với mức thuế suất ổn định. Nhưng từ 01/01/2005, giá đất do các địa phương ban hành đã tăng nhiều lần so với trước đó và có xu hướng tiếp tục tăng trong các năm tới để đúng theo quy định của Chính phủ là sát với giá chuyển nhượng thực tế trên thị trường; điều này dẫn đến các
khoản thu trên sẽ tăng tương ứng với giá do giá tăng nhưng thuế suất vẫn không thay đổi. Đứng trên góc độ Nhà nước thì sẽ có lợi do thu ngân sách được nhiều hơn; nhưng đối với người sử dụng đất sẽ là rất khó khăn do số tiền phải nộp tăng khá cao và đột ngột. Ngoài ra, đây cũng là một nguyên nhân gây ảnh hưởng làm giảm giao dịch của thị trường BĐS thời gian qua.