Bộ Tài nguyên và Môi trường tiếp tục thực hiện nhiệm vụ đầu mối trong hoạt động quản lý nhà nước về môi trường. Chức năng quản lý môi trường một số lĩnh vực chuyên ngành như quản lý chất thải rắn, quản lý môi trường lưu vực sông, quản lý môi trường biển và hải đảo, quản lý và bảo tồn đa dạng sinh học,... được phân công cho các Bộ, ngành có liên quan cùng tham gia thực hiện.
Đến nay, ở Trung ương đã có 08 Bộ, ngành thành lập đơn vị có chức năng quản lý về môi trường theo ngành, lĩnh vực bao gồm: Bộ Y tế (Cục Quản lý môi trường y tế), Bộ Giao thông vận tải (Vụ Môi trường), Bộ Công thương (Cục Kỹ thuật an toàn và Môi trường công nghiệp), Bộ Quốc phòng (Cục Khoa học quân sự), Bộ Công an (Cục Khoa học, Công nghệ và Môi trường thuộc Tổng cục IV), Bộ Kế hoạch và Đầu tư (Vụ Khoa học, Giáo dục, Tài nguyên và Môi trường), Bộ
Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi
trường), Bộ Xây dựng (Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường) (Bộ TN&MT, 2015).
Ở cấp độ liên vùng, là các tổ chức, ủy ban BVMT LVS như: 03 Ủy ban BVMT LVS Cầu, Nhuệ - Đáy và lưu vực hệ thống sông Đồng Nai; Ban Quản lý quy hoạch các lưu vực sông: Cửu Long, Đồng Nai, sông Hồng - Thái Bình... (Bộ TN&MT, 2015).
Ở cấp địa phương, đến nay, Chi cục BVMT đã được thành lập ở tất cả 63 tỉnh, thành phố, đã có 672/675 quận, huyện thành lập Phòng Tài nguyên và Môi trường; nhiều quận, huyện đã tăng cường cán bộ có chuyên môn môi trường cho phòng Tài nguyên và Môi trường (Bộ TN&MT, 2015). Ở cấp xã, cán bộ địa chính phụ trách nhiệm vụ quản lý nhà nước về đất đai. Ngoài ra, đa số các xã, phường giao nhiệm vụ quản lý nhà nước về môi trường cho cán bộ địa chính kiêm nhiệm, một số ít nơi đã bố trí cán bộ chuyên trách; một số nơi giao nhiệm vụ này cho cán bộ văn phòng Ủy ban nhân dân xã, phường (Bộ TN&MT, 2015).