Hiện nay, việc xử lý các hành vi vi phạm pháp luật về hợp đồng lao động chỉ giới hạn ở việc xử phạt vi phạm hành chính mà không áp dụng các biện pháp xử lý hành chính. Không giống như trách nhiệm dân sự và hình sự được xét xử bởi tòa án, việc xử lý vi phạm hành chính nói chung hay trong lĩnh vực cụ thể là vi phạm hợp đồng lao động được chủ yếu giao cho cơ quan quản lý nhà nước.
Theo quy định tại Nghị định số 113/2004/NĐ-CP, các cơ quan, cá nhân có thẩm quyền xử phạt hành chính đối với các hành vi vi phạm pháp luật lao động trong đó có vi phạm về hợp đồng lao động bao gồm:
- Chủ tịch Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã, thành phố (gọi chung là Ủy ban nhân dân cấp huyện), Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (gọi chung là Ủy ban nhân dân cấp tỉnh).
- Thanh tra viên lao động đang thực thi công vụ, Chánh thanh tra Sở Lao động - Thương binh và Xã hội, Chánh thanh tra Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội.
Trong trường hợp xảy ra tranh chấp về thẩm quyền xử phạt thì Nghị định số 113/2004/NĐ-CP cũng đề ra phương án giải quyết đó là đối với hành vi vi phạm hành chính về pháp luật lao động mà thuộc thẩm quyền xử lý của nhiều cơ quan quản lý nhà nước thì việc xử phạt do cơ quan thụ lý đầu tiên thực hiện. Khi một người thực hiện nhiều hành vi vi phạm hành chính thì thẩm quyền xử phạt được xác định dựa trên hình thức và mức xử phạt đối với hành vi đó. Nếu các hành vi thuộc thẩm quyền xử phạt của nhiều người thuộc các cơ quan khác nhau thì quyền xử phạt thuộc Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp có thẩm quyền xử phạt nơi xảy ra vi phạm.
Nghị định số 113/2004/NĐ-CP về xử phạt hành chính đối với hành vi vi phạm pháp luật lao động đều cho phép những người có thẩm quyền xử lý vi phạm hành chính ủy quyền việc xử lý vi phạm hành chính cho cấp phó trong trường hợp những người này vắng mặt và việc ủy quyền phải bằng văn bản và do chính người ủy quyền ký. Trong giấy ủy quyền phải nêu rõ phạm vi, thời hạn ủy quyền theo Thông tư số 12/2005/TT-BLĐTBXH ngày 28 tháng 01 năm 2005 của Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội. Nghiên cứu về vấn đề này, TS. Trần Minh Hương có nêu: "Nhiều người quan niệm rằng việc ủy quyền phải được thể hiện bằng văn bản theo vụ việc, nếu tuân thủ quy định thì sẽ phải lập văn bản ủy quyền nhiều lần và như vậy sẽ không giải quyết kịp thời các vụ vi phạm trong trường hợp cấp trưởng đi vắng" [22, tr. 33]. Chính vì vậy, xác định ủy quyền theo vụ việc hay theo thời gian cũng cần phải được xem xét kỹ lưỡng trước khi tiến hành xử phạt. Theo chúng tôi, việc ủy quyền theo thời gian sẽ tạo điều kiện thuận lợi hơn cho việc xử phạt do không phải làm văn bản nhiều lần theo vụ việc.
Hiện nay, để đáp ứng nhu cầu thực tiễn, tăng thẩm quyền xử phạt đối với các chức danh có thẩm quyền là điều cần thiết. Cụ thể, Chủ tịch Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, Chánh thanh tra các cấp được tăng mức phạt tiền từ 20 triệu lên thành 30 triệu; thanh tra viên chuyên
ngành được tăng mức phạt tiền từ 200.000 lên thành 500.000,.... (Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính). Chính vì vậy, mức phạt tiền được quy định cho các chức danh trên theo Nghị định số 113/2004/NĐ-CP không còn phù hợp với Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính.