Hội đồng quản trị Ban giám đốc Phòng kế toán Phòng kinh doanh Phòng phát triển phần mềm Phòng giải pháp phần mềm Phòng tích hợp hệ thống Phòng hành chính nhân sự Về cơ cấu tổ chức, do Công ty thuộc loại hình doanh nghiệp công ty cổ phần, mô hình tổ chức của Công ty khá tương đồng với hầu hết các công ty cổ phần khác như trong sơ đồ 1. Cơ cấu tổ chức Công ty bao gồm: hội đồng quản trị, ban giám đốc, phòng kế toán, phòng kinh doanh, phòng phát triển phần mềm, phòng giải pháp phần mềm, phòng tích hợp hệ thống, phòng hành chính nhân sự.
Sơ đồ 1: Cơ cấu tổ chức của Công ty cổ phần công nghệ Syntek
Hội đồng quản trị: là cơ quan quản lý công ty, có toàn quyền nhân danh công ty để quyết định, thực hiện các quyền và nghĩa vụ của công ty không thuộc thẩm quyền của Đại hội đồng cổ đông.
Ban giám đốc: bao gồm tổng giám đốc, giám đốc về sản xuất kinh doanh, giám đốc về kỹ thuật, kế toán trưởng. Ban giám đốc có trách nhiệm thực hiện các nhiệm vụ và quyền hạn chung quy định tại điều lệ công ty cổ phần hiện hành, chỉ đạo toàn diện công tác sản xuất kinh doanh và các hoạt động tài chính của công ty, quyết định những vấn đề thuộc thẩm quyền về quản lý hoạt động hàng ngày của công ty hoặc những nội dung theo ủy uyền của đại hội đồng cổ đông và hội đồng quản trị của công ty.
Phòng kế toán: Quản lý toàn bộ tài sản của công ty, tổ chức sử dụng vốn và nguồn vốn kinh doanh của công ty. Thực hiện nghĩa vụ đối với ngân sách nhà nước.
Phân phối thu nhập, tích luỹ tính toán theo dõi hoạt động kinh doanh của công ty, viết phiếu xuất nhập kho. Kiểm tra rồi viết hoá đơn thanh toán rồi giao cho nhân viên các phòng thực hiện theo yêu cầu thanh toán.
Phòng kinh doanh: Là phòng có trách nhiệm mọi hoạt động kinh doanh của công ty, phòng kinh doanh phải tự khai thác và mở rộng tìm kiếm khách hàng trong nước cũng như ngoài nước, để tham mưu cho Ban giám đốc ký kết các hợp đồng kinh tế.
Phòng phát triển phần mềm: là một bộ phận nghiệp vụ có chức năng xây dựng và thực hiện các kế hoạch phát triển các sản phẩm phần mềm, thực hiện hỗ trợ sản phẩm, công nghệ.
Phòng giải pháp phần mềm: là phòng có chức năng nghiên cứu và phát triển các giải pháp cho các sản phẩm, dự án phần mềm của Công ty. Cung cấp, tư vấn về giải pháp cho các vấn đề mà phòng phát triển phần mềm gặp phải, tham mưu về định hướng công nghệ cho Công ty.
Phòng tích hợp hệ thống: là phòng có chức năng quản lý hệ thống mạng, các thiết bị công nghệ thông tin, quản lý việc sử dụng các phần mềm trong toàn bộ công ty, đảm bảo an toàn mạng và an ninh thông tin. Phòng tích hợp hệ thống cũng có trách nhiệm cùng với phòng phát triển phần mềm, phòng giải pháp phần mềm hỗ trợ trong việc triển khai các sản phẩm, dịch vụ cho khách hàng.
Phòng hành chính nhân sự: là bộ phận có chức năng tham mưu cho ban giám đốc trong lĩnh vực tổ chức bộ máy quản lý sản xuất, tuyển dụng, đào tạo, quản lý lao động, thực hiện các chế độ, chính sách đối với người lao động; phục vụ, tham mưu cho ban giám đốc trong công tác hành chính quản trị, đảm bảo điều kiện làm việc và phương tiện phục vụ sản xuất kinh doanh của công ty.