Có rất nhiều mô hình nhân tố, nhƣng hai mô hình nhân tố thông dụng nhất là phân tích nhân tố thông thƣờng (Common factor analysis) và phân tích nhân tố thành phần (Component analysis). Để hiểu sự khác nhau giữa hai phƣơng pháp này cần xem xét đến bản chất của phƣơng sai. Toàn bộ phƣơng sai bao gồm ba phần là phƣơng sai chung, phƣơng sai riêng và phƣơng sai do sai lầm. Phƣơng sai chung là phƣơng sai mà tất cả các biến đều có. Phƣơng sai riêng là phƣơng sai chỉ gắn liền với một biến nào đó. Phƣơng sai do sai lầm là phƣơng sai xảy ra do các điểm không phù hợp trong việc thu thập dữ liệu, lập thang đo, lấy mẫu. Phân tích nhân tố thành phần quan tâm đến toàn bộ phƣơng sai (Phƣơng sai chung, phƣơng sai riêng, phƣơng sai do sai lầm) trong khi phân tích nhân tố thông thƣờng chỉ quan tâm đến phƣơng sai chung.
Lựa chọn phƣơng pháp nào để áp dụng do hai yếu tố là mục đích của nhà phân tích và mức độ hiểu biết của nhà phân tích đối với phƣơng sai của các biến. Khi mục đích của nhà nghiên cứu là tóm tắt các biến thành một nhóm ít nhất các
nhân tố phục vụ cho mục đích dự đoán và nhà nghiên cứu biết trƣớc rằng phƣơng sai riêng và phƣơng sai do sai lầm chiếm một phần không đáng kể trong tổng phƣơng sai thì có thể áp dụng phân tích nhân tố thành phần. Ngƣợc lại khi mục đích của nhà nghiên cứu không biết rõ phƣơng sai riêng và phƣơng sai do sai lầm chiếm tỷ trọng bao nhiêu trong tổng phƣơng sai do đó nhà nghiên cứu muốn loại bỏ hai loại phƣơng sai này thì có thể áp dụng phân tích nhân tố thông thƣờng.