Một khi vụ giao dịch được quyết định, sự liên quan của thuế và kế toán trong sáp nhập cần được xác định. Việc bên chào mua trả cho bên mục tiêu như thế nào ảnh hưởng đến thuế của cả cổ đông công ty mục tiêu và công ty hợp nhất. Bất cứ tiền mặt nào được trả toàn bộ hay một phần cho các cổ phần đều tạo ra trách nhiệm về thuế ngay lập tức cho các cổ đông bên mục tiêu. Họ sẽ phải trả thuế lợi vốn trên sự chênh lệch giữa giá mà họ được nhận từ các cổ phần trong công ty mục tiêu và
giá mà họ đã mua các cổ phần này lần đầu tiên. Nếu bên chào mua trả cho bên mục tiêu toàn bộ bằng cổ phiếu thì trách nhiệm về thuế được trì hoãn cho đến khi các cổ đông bên mục tiêu bán các cổ phần mới của họ ở công ty chào mua.
Nếu bên chào mua trực tiếp mua tài sản của bên mục tiêu (thay vì mua cổ phiếu của bên mục tiêu) thì họ có thể đẩy giá trị sổ sách của tài sản công ty mục tiêu đến giá được trả. Việc trích khấu hao lớn hơn có thể giảm thuế trong tương lai. Hơn nữa, bất cứ uy tín (goodwill) nào được tạo ra cũng có thể được khấu hao vì mục đích thuế.
Trong khi cách thức trả (tiền mặt hay cổ phiếu) ảnh hưởng đến giá trị của tài sản bên mục tiêu được ghi nhận như thế nào vì mục đích thuế, nó lại không ảnh hưởng đến báo cáo tài chính của công ty hợp nhất. Công ty hợp nhất chỉ cần cộng giá trị được ấn định cho tài sản bên mục tiêu vào báo cáo tài chính bằng cách dùng giá mua tài sản bên mục tiêu làm giá trị thị trường hợp lý của chúng. Nếu giá mua vượt quá giá trị thị trường hợp lý của tài sản có thể xác định của bên mục tiêu, phần còn lại được ghi nhận như là giá trị của uy tín hay thương hiệu.