VI Tổ chức và hoạt động của Bộ, cơ quan ngang Bộ 1 Quan niệm về Bộ
b) Các tổ chức sự nghiệp thuộc bộ
Các tổ chức sự nghiệp như: nghiên cứu khoa học - kỹ thuật và giáo dục (bệnh viện, trường, viện nghiên cứu...). Đối với các bộ quản lý các ngành sự nghiệp, những tổ chức này là những đơn vị cơ bản thực hiện nhiệm vụ của ngành. Viện nghiên cứu ở các bộ là cần thiết nhưng phải xác định mục đích nghiên cứu mà đề ra các phương hướng có tính chất chiến lược, dài hạn, cơ bản phục vụ cho mục tiêu chung. Vì vậy, nếu các viện nghiên cứu hiện ở các bộ đang làm nhiệm vụ nghiên cứu ứng dụng cho sản xuất là chủ yếu thì nên chuyển chúng về các liên hiệp sản xuất, và hướng tới thành lập các liên hiệp sản xuất - khoa học. Dần dần chuyển các viện sang hạch toán kinh tế từng phần và tiến tới hạch toán đầy đủ hơn. Kiên quyết chấm dứt tình trạng biến các tổ chức nghiên cứu (viện, trung tâm) thành những tổ chức kinh viện, không gắn và không phục vụ sản xuất, không có hiệu quả thiết thực, hoặc nhẹ về nghiên cứu và ứng dụng tiến bộ kỹ thuật mà thiên về chạy theo kinh doanh lấy lãi. Việc thành lập viện, trường đều phải tiến hành theo quy hoạch, kế hoạch, và có cân nhắc thận trọng, phù hợp với điều kiện kinh tế và mục đích đặt ra về nghiên cứu khoa học - kỹ thuật.
- Các tổ chức kinh doanh (như xí nghiệp, công ty, tổng công ty...) là doanh nghiệp nhà nước trực thuộc bộ không nằm trong cơ cấu hành chính của bộ; đó là những tổ chức kinh doanh trực tiếp thực hiện nhiệm vụ sản xuất kinh doanh của các ngành thuộc bộ quản lý; nhưng là nơi thể hiện cuối cùng hiệu lực và hiệu quả quản lý hành chính nhà nước của bộ ở cấp độ trung ương.
Trên cơ sở phân tích kinh tế - kỹ thuật, trình độ cơ cấu tổ chức của xí nghiệp từng ngành mà tổ chức những hình thức liên hiệp sản xuất - kinh doanh toàn quốc hay khu vực, trung ương hay địa phương, liên hiệp ngang, dọc, hay kết hợp ngang với dọc; quy định mức độ liên hoàn và kinh doanh tổng hợp hợp lý. Sự ra đời các Tổng công ty dẫn đến phải xác định quản lý theo 2 cấp hay 3 cấp, và từ đó có thể giảm mạnh các vụ, cục.
Trong cơ chế mới, đơn vị sản xuất - kinh doanh có quyền tự chủ mở rộng trong phạm vi chiến lược, quy hoạch, kế hoạch cân đối lớn, pháp luật, chính sách của Đảng và Nhà nước; đơn vị sản xuất hàng hoá được quyền tự đặt kế hoạch sản xuất - kinh doanh, mở rộng quan hệ vay mượn, mua bán, liên kết, liên doanh, và tự
chịu trách nhiệm về hiệu quả kinh tế, tài chính trong khuôn khổ mà kế hoạch, chính sách và pháp luật cho phép. Từ việc xác định quan hệ giữa đơn vị kinh doanh với cơ quan quản lý hành chính nhà nước như vậy, đòi hỏi phải đổi mới bộ máy quản lý hành chính nhà nước của các bộ.