Dù có nhiều cơ hội và tiềm năng phát triển, bán hàng trực tuyến vẫn còn nhiều khó khăn tồn tại khiến các doanh nghiệp dè dặt trong việc mở rộng kinh doanh, đó là:
Hạn chế về sức mua và thị phần do thói quen mua sắm truyền thống: Sức mua và thị phần của bán lẻ trực tuyến còn hạn chế bởi thói quen mua sắm truyền thống và sử dụng tiền mặt đã ăn sâu vào suy nghĩ và hành động của người Việt từ xưa đến nay. Ngoài ra, theo nhiều chuyên gia nghiên cứu thị trường nhận định rằng cuộc sống tại Việt Nam chưa công nghiệp hóa đến mức quá bận rộn để phải click mua hàng trên mạng.
Trở ngại về lòng tin của khách hàng: Người tiêu dùng Việt chưa tin tưởng vào uy tín của nhà cung cấp trực tuyến, lo lắng về nguy cơ nhận được hàng kém chất lượng và gặp khó khăn trong việc đổi trả hàng. Việc không được “sờ tận tay, day tận mặt” sản phẩm trước khi mua đã khiến nhiều người e dè khi lựa chọn mua trực tuyến. Một số doanh nghiệp kinh doanh lừa đảo qua mạng, không giữ uy tín khi giao dịch mua bán đã để lại tâm lý tiêu cực trong khách hàng.
Hạn chế về công nghệ:
Vấn đề thanh toán: hệ thống thanh toán trực tuyến của các trang web chưa được tối ưu hóa, khách hàng chưa quen sử dụng các hình thức thanh toán không dùng tiền mặt hoặc chưa có đủ hình thức thanh toán như khách hàng mong muốn.
Vấn đề bảo mật thông tin: Các doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp vừa và nhỏ, chưa có hệ thống hoàn chỉnh về an toàn giao dịch và đảm bảo kết nối Internet. Nguy cơ tốc độ truy cập chậm, nghẽn mạng nếu số lượng khách hàng truy cập ngày một đông cũng là nguyên nhân khiến khách hàng rời bỏ website.
Hạn chế mang tính thương mại: TMĐT đòi hỏi phải đầu tư xứng đáng cho việc xây dựng và duy trì hệ thống. Các doanh nghiệp nhỏ thường không thể cạnh tranh bằng giá cả nhất là khi tham gia thị trường rộng lớn của TMĐT.
Nhìn bề ngoài, các sản giao dịch điện tử có vẻ như là nơi cho phép người bán và người mua trên toàn thế giới trao đổi thông tin mà không cần trung gian. Nếu tiếp cận
gần hơn sẽ thấy xuất hiện một hệ thống trung gian mới để đảm bảo về chất lượng sản phẩm, những người dàn xếp, các cơ quan chứng thực để đảm bảo tính hợp pháp của các giao dịch. Các chi phí này được tính vào chi phí giao dịch.
Vấn đề cơ chế, chính sách quản lý và quản trị: Chưa có sự nhất quán trong các chính sách của Nhà nước về pháp lý, thuế, sự vận dụng các hiệp ước quốc tế trong lĩnh vực TMĐT. Chưa có được sự hỗ trợ và phối hợp đồng bộ từ phía các nhà cung ứng dịch vụ logistics, dịch vụ thanh toán, dịch vụ bảo hành, hậu mãi từ nhà sản xuất… Đây là rào cản lớn cho sự đột phá của lĩnh vực.