Môi trường Internet luôn chứa đựng nhiều rủi ro nên tính tin cậy và bảo mật là yếu tố tạo nên sự tin cậy và trung thành của khách hàng trong việc mua hàng trực tuyến. Một trong những lý do cơ bản khiến khách hàng ngại ngần khi tham gia mua bán online là lo sợ về việc lộ thông tin cá nhân và bị đánh cắp tài khoản thẻ tín dụng trực tuyến. Để tăng cường tính bảo mật, hệ thống máy tính, hệ thống cơ sở dữ liệu phục vụ kinh doanh trực tuyến phải được đảm bảo hoạt động tin cậy, có phương án dự phòng, chống mất điện, chống virus, chống sự truy cập bất hợp pháp. Doanh nghiệp nên lựa chọn nhà cung cấp các giải pháp bảo mật cho các giao dịch trực tuyến, đặc biệt là các giao dịch liên quan đến thanh toán điện tử. Bản thân các chính sách an ninh phải được cập nhật định kỳ khi môi trường làm việc hay công nghệ thay đổi.
Vấn đề an ninh, bảo mật phải được chú ý ngay từ khâu tổ chức của doanh nghiệp. Doanh nghiệp cần tổ chức rèn luyện và thường xuyên nhắc nhở, kiểm tra đạo đức nghề nghiệp của nhân viên để đảm bảo không để lộ thông tin khách hàng. Với các thông tin quan trọng của khách hàng, cần quản lý nghiêm ngặt bằng các phần mềm bảo mật, chỉ những người có quyền hạn mới được quản lý.
Thường xuyên giữ mối quan hệ với khách hàng cũng là một biện pháp tăng cường kiểm tra chéo, phát hiện dấu hiệu mất an ninh của hệ thống để có biện pháp kịp thời. Ngoài ra, để tăng cường lòng tin của khách hàng về độ an toàn, doanh nghiệp cần lập hệ thống gửi thông báo trên website và cả email đến khách hàng xác thực giao dịch và tình trạng đơn hàng, tình trạng thanh toán để khách hàng yên tâm.