Thanh toán điện tử là một trong những vấn đề cần quan tâm nhất của kinh doanh TMĐT. Các loại hình thanh toán điện tử thường được áp dụng ở Việt Nam hiện nay là:
Thanh toán bằng thẻ tín dụng hoặc thẻ ghi nợ
Thanh toán bằng thẻ tín dụng hoặc ghi nợ quốc tế: khách hàng sở hữu các loại thẻ mang thương hiệu Visa, Master, American Express, JCB có thể thanh toán hơn 60 website đã kết nối với các cổng thanh toán như OnePay, 123Pay, Paypal, Smartlink.
Thanh toán bằng thẻ ghi nợ nội địa: Các chủ thẻ đa năng và chủ thẻ ghi nợ nội địa của các ngân hàng như Vietcombank, ACB, Đông Á… có thể thực hiện thanh toán trực tuyến tại các website đã kết nối với ngân hàng đó và cổng thanh toán phổ biến tại Việt Nam như OnePay, Bảo Kim, Ngân Lượng, Payoo, VnMart, 123Pay, Smartlink…
Chuyển khoản qua ngân hàng
Thông qua ATM hoặc giao dịch trực tiếp tại ngân hàng, chủ tài khoản chuyển khoản sang tài khoản của người bán một số tiền trước khi nhận hàng. Các thức này chỉ nên thực hiện khi người mua có thể tin cậy ở người bán, nhưng có rủi ro cho người mua khi người bán không giao hàng hoặc giao hàng kém phẩm chất so với khi rao bán.
Thanh toán bằng thẻ cào hoặc tin nhắn điện thoại (qua Telco)
Khách hàng thanh toán bằng cách nhắn tin theo cú pháp chuẩn hay nhắn mã số thẻ cào và số series đến tổng đài thông qua các cổng thanh toán như FPTPayment, OnePay, F@stMobiPay... Tuy nhiên hình thức này có nhược điểm là người bán chỉ thu được khoảng 85% số tiền vì nhà mạng sẽ thu phí khoảng 15% trên tổng số tiền chuyển vào.
Thanh toán bằng ví điện tử
Ví điện tử là một dạng tiền ảo, tiền số hóa (digital cash) cho phép người dùng nạp tiền từ một ngân hàng và được chấp nhận để thanh toán cho một đơn vị/cá nhân khác.
Một số ví điện tử phổ biến ở Việt Nam hiện nay như của Bảo Kim, Ngân lượng, Mobivi, Payoo, VnMart… đã được chấp nhận để thanh toán trên nhiều website TMĐT.
Trả tiền mặt khi giao hàng
Đa phần các website TMĐT đều áp dụng phương thức COD (Cash on delivery) cho phép người dùng đặt hàng và nhận hàng mà không cần thanh toán trước. Khi hàng được giao đến nơi, nếu người mua hài lòng sẽ tiến hành thanh toán trực tiếp cho người giao hàng. Hình thức này được xem là hiệu quả nhất tại Việt Nam hiện nay do thói quen sử dụng tiền mặt và TMĐT chưa mang lại niềm tin tuyệt đối cho người dùng.
Gửi tiền qua bưu điện hoặc hệ thống chuyển tiền quốc tế
Trong trường hợp người mua hoặc người bán ở cách xa, lại không có tài khoản ngân hàng thì có thể dùng cách này. Tuy nhiên sẽ tốn một khoản phí chuyển tiền; tùy dịch vụ của từng ngân hàng, mức phí có thể là vài chục nghìn đồng.