Sổ kế toán dùng để ghi chép, hệ thống và lưu giữ toàn bộ các nghiệp vụ kinh tế, tài chính đã phát sinh theo nội dung kinh tế và theo trình tự thời gian có liên quan đến doanh nghiệp. Mỗi doanh nghiệp chỉ có một hệ thống sổ kế toán cho một kỳ kế toán năm. Doanh nghiệp phải căn cứ vào hệ thống tài khoản kế toán áp dụng tại doanh nghiệp và yêu cầu quản lý để mở đủ các sổ kế toán tổng hợp và sổ kế toán chi tiết cần thiết (Bộ tài chính, 2006). Trình tự tổ chức vận dụng chế độ sổ sách kế toán gồm:
Xác lập hệ thống mẫu sổ kế toán: căn cứ vào hệ thống tài khoản kế toán đã được xác lập ở doanh nghiệp, kế toán trưởng xây dựng hệ thống sổ kế toán tổng hợp theo mẫu quy định và sổ, thẻ kế toán chi tiết phù hợp với đặc điểm doanh nghiệp.
Lựa chọn hình thức kế toán: căn cứ vào trình độ nhân viên kế toán, ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác kế toán ở doanh nghiệp, kế toán trưởng chọn 1 trong 5 hình thức kế toán: Nhật ký chung; Nhật ký - Sổ cái; Chứng từ ghi sổ; Nhật ký -
Chứng từ và hình thức kế toán trên máy vi tính, doanh nghiệp tiến hành đăng ký với Cơ quan thuế quản lý trước khi áp dụng. Thiết lập hệ thống sổ kế toán theo hình thức kế toán phù hợp có ý nghĩa quan trọng trong việc phân loại, xử lý và tổng hợp thông tin nhằm phục vụ cho việc lập BCTC và báo cáo kế toán quản trị.
Phân công trách nhiệm và quyền hạn cụ thể của người ghi sổ: phương pháp ghi sổ, thời gian hoàn thành, bảo quản sổ kế toán trong thời gian sử dụng. Cần giám sát chặt chẽ tiến độ, nội dung thực hiện ở khâu này vì nếu sổ kế toán không được xử lý kịp thời sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến việc cung cấp thông tin kế toán. Đảm bảo việc lưu trữ sổ sách kế toán theo đúng quy định hiện hành.
Khi vận dụng tổ chức hệ thống sổ kế toán, kế toán trưởng cần lưu ý việc tuân thủ sử dụng các loại sổ kế toán thống nhất theo hình thức kế toán đã đăng ký. Đặc biệt đối với các sổ, thẻ kế toán chi tiết tránh việc mở sổ tùy tiện làm cho hệ thống sổ sách kế toán cồng kềnh gây tốn kém, không phát huy hiệu quả sử dụng.