Theo tổng hợp kinh nghiệm quốc tế cho thấy có hai cách tiếp cận đối với việc quản lý Thuế TNCN: kê khai toàn bộ và kê khai hạn chế. Cụ thể:
- Kê khai toàn bộ
Tất cả cá nhân có thu nhập gộp vượt quá một mức tối thiểu nhất định (gọi là Ngưỡng kê khai) có nghĩa vụ phải nộp tờ khai thuế, nguyên tắc này cũng áp dụng cho cả các cá nhân có thu nhập từ nguồn duy nhất là tiền lương do một chủ lao động trả. Các nước yêu cầu kê khai toàn bộ bao gồm Úc, Canađa, Singapore và Mỹ.
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Kinh tế Page 43 Việc thu nộp thuế áp dụng đối với phương thức kê khai toàn bộ là khấu trừ thuế tại nguồn, theo đó một số loại thu nhập được người/tổ chức chi trả thu nhập khấu trừ thuế trước khi chi trả cho NNT, bên cạnh đó NNT có thể yêu cầu thanh toán thuế định kỳ cho các loại thu nhập khác không được khấu trừ. Vào cuối năm, NNT nộp tờ khai thuế tổng hợp bao gồm kê khai toàn bộ các hình thức TNCN khác nhau thu được trong năm (tiền công, thu nhập đầu tư, thu nhập kinh doanh...) và trừ đi các khoản được giảm trừ (như giảm trừ cá nhân, các khoản chi phí được trừ...). Thu nhập ròng từ tất cả các nguồn thu sau đó bị đánh thuế theo biểu thuế suất đơn giản (thường với thuế suất luỹ tiến), sau khi được bù trừ với khoản thuế nộp thừa hay nộp thiếu đã khai trong tờ khai thuế sẽ tính toán ra nghĩa vụ thuế còn lại trong năm.
Với hình thức này, các tổ chức chi trả có trách nhiệm báo cáo định kỳ cho cơ quan thuế các thông tin về giao dịch của mình với NNT. Vào cuối năm, cơ quan thuế sẽ kiểm tra các thông tin bên thứ ba với thông tin do NNT báo cáo trên tờ khai thuế. Hệ thống kiểm tra này gắn chặt với mã số thuế đã cấp cho NNT và các tổ chức khác.
Để hạn chế gánh nặng của phương thức kê khai toàn bộ đối với NNT và đại lý thuế, nhiều nước đã sử dụng rộng rãi hệ thống kê khai thuếđiện tửđối với với tờ khai thuế và báo cáo về khấu trừ tại nguồn. Tại một số nước, theo quy định của luật, một số tổ chức (ví dụ như các chủ lao động lớn, các tổ chức tài chính) phải nộp các báo cáo khấu trừ (và chuyển số tiền khấu trừ của mình) dưới dạng điện tử. Nhằm giảm bớt chi phí tuân thủ, một số đại lý thuế (như Chi lê, Đan Mạch, và Thụy điển) đã kết hợp các thông tin nhận được từ bên thứ ba (đại lý khấu trừ và các tổ chức báo cáo thông tin) với các thông tin khác do cơ quan thuế nắm giữ để lập tờ khai nhằm hỗ trợ cho NNT trước khi điền vào tờ khai (các thông tin được hỗ trợ điền vào tờ khai của NNT là các thông tin đã biết về thu nhập, các khoản chi phí được trừ, các khoản miễn thu...) và việc tính ban đầu số thuế cần phải nộp cho mỗi NNT.
- Kê khai hạn chế
Theo phương thức kê khai hạn chế, nhiều cá nhân không phải nộp tờ khai thuế, nhưng thay vào đó bị đánh thuế qua việc khấu trừ tại nguồn thông qua hệ
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Kinh tế Page 44 thống khấu trừ tiền lương nhằm làm giảm yêu cầu kê khai đối với các cá nhân có những nguồn thu nhập khác. Các nước như Đức, Nhật Bản, Hà Lan, Anh, Newzealand đã tiếp cận theo cách này.
Đối với các cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công do một chủ lao động duy nhất chi trả (thường chiếm tỷ trọng lớn nhất trong số lượng NNT TNCN tại nhiều nước) thì chủ lao động sẽ khấu trừ trên cơ sở ước tính được sát nhất nghĩa vụ thuế hàng năm của người làm công phải thực hiện, do đó người lao động không phải nộp tờ khai thuế. Các khoản miễn thu cá nhân và giảm trừ cho người phụ thuộc được quy định trong luật thuế (đôi khi, áp dụng hình thức khoảng 0% đối với những mức thu nhập thấp), hoặc ở mức độ có thể, được tính trực tiếp vào hệ thống khấu trừ lương.
Trường hợp không thể khấu trừ tại nguồn, cơ quan thuế có thể ban hành quy định chỉ phải kê khai đối với những khoản thu nhập vượt quá ngưỡng tối thiểu để tránh việc yêu cầu tất cả người lao động đều phải nộp tờ khai.
Trường hợp phức tạp hơn khi các cá nhân có tiền lương, thu nhập từ hai công việc trở lên. Những đối tượng này có thể yêu cầu giảm trừ cá nhân và gia cảnh lần thứ hai. Vấn đề này có thểđược giải quyết bằng cách yêu cầu phải nộp tờ khai hoặc yêu cầu cơ quan thuế phải xác nhận tính hợp lệ của việc đề nghị giảm trừ trước khi được chủ lao động chấp nhận.