Đối với công tác quản lý thu thuế TNCN thì trước hết chúng ta cần phải xây dựng bộ máy để quản lý thuế TNCN. Bộ máy quản lý thuế TNCN bao gồm một đội ngũ cán bộ thuế chuyên trách được đào tạo chuyên sâu và được tổ chức, sắp xếp một cách thống nhất, đồng bộ và có khoa học. Nếu làm được điều này thì công tác quản lý thuế TNCN mới đem lại hiệu quả cao nhất. [5]
Công tác quản lý thuế TNCN đặc biệt quan trọng ở khâu quản lý thu nhập của các đối tượng nộp thuế. Chính vì vậy, CQT cần phải giám sát được tất cả thu nhập của cá nhân NNT, để từ đó xác định được đối tượng phải nộp thuế và số tiền thuế phải nộp. Tuy nhiên việc nắm bắt được đầy đủ thu nhập của NNT là một công việc rất khó khăn đối với CQT, do vậy muốn thực hiện tốt điều này thì CQT cần phải có chế độ giám sát các khoản thu nhập một cách chặt chẽ như phải đầu tư trang bị thiết bị hiện đại, kết nối thông tin với ngành liên quan, cấp MST cho NNT và người phụ thuộc ...
Công tác quản lý thuế TNCN không chỉ dừng lại ở việc thu đầy đủ, đúng như quy định, mà nó còn cần phải phát hiện ra những bất cập, thiếu sót trong quy định về nội dung luật thuế cũng như những quy định trong công tác quản lý kê khai, nộp thuế. Trong quá trình thực hiện quản lý thu thuế, cơ quan thuế sẽ dễ dàng tìm ra những sai sót trong quá trình thi hành chính sách, đồng thời cũng sẽ tìm ra những phương pháp quản lý thuế tốt nhất, đơn giản, thuận tiện nhất nhưng vẫn đảm bảo yêu cầu thu, đúng thu đủ, thu kịp thời vào NSNN. Từ đó CQT có thể kiến nghị lên Bộ Tài chính, Chính phủ xem xét hoàn thiện Luật thuế TNCN và công tác tổ chức quản lý thuế TNCN.