Như đó trỡnh bày ở mục 1.2, nước Đức là quốc gia điển hỡnh ở Chõu Âu về phỏt triển trường đại học nghiờn cứu do đõy là nơi khởi nguồn hỡnh thành trường đại học nghiờn cứu với sự ra đời của Trường Đại học Berline năm 1810, và sau đú mụ hỡnh này đó nhanh chúng lan ra trờn thế giới. Tuy nhiờn, cỏc trường đại học nghiờn cứu Đức đó nhanh chúng bị suy thoỏi từ đầu thế kỷ 20 và đại đa số cỏc trường đại học nghiờn cứu Chõu Âu đó loay hoay tỡm hướng đi trong cuộc khủng hoảng về mụ hỡnh phỏt triển trong nửa thế kỷ qua.
Từ lịch sử hỡnh thành Trường Đại học Berlin, cú thể thấy vai trũ to lớn của chớnh quyền đối với sự hỡnh thành của trường đại học nghiờn cứu, như George (1920, dẫn lại từ Nguyễn Xuõn Xanh, 2010, trang 93) nhận xột
“(K)hụng một chớnh quyền nào hiểu rừ làm sao để tại ra đại học và trung học như chớnh quyền Phổ”. Chớnh quyền vừa cung cấp nguồn tài trợ cho sự hỡnh thành và phỏt triển của trường, vừa quản lý hoạt động của trường, trong đú cú việc bổ nhiệm giỏo sư. Nhưng cỏc hoạt động nghiờn cứu và giảng dạy vẫn được thực hiện theo nguyờn lý do Humbolt khởi xướng và do đú, cỏc trường đại học ở Đức đó trở thành “đại học khai sỏng, tinh hoa” và “mỗi đại học là một đại học nghiờn cứu” (Nguyễn Xuõn Xanh, 2010, trang 113), dẫn đến kết quả là “(S)ự bỏ chủ về khoa học của Đức trờn mọi lĩnh vực khụng trừ một ngoại lệ nào” (Ferdinand Lot, 1892, dẫn lại từ Nguyễn Xuõn Xanh, 2010, trang 93).
Tuy nhiờn, cỏc trường đại học nghiờn cứu Đức từ đầu thế kỷ 20 đó lõm vào suy thoỏi. Dưới chế độ Đức quốc xó, toàn bộ đời sống tinh thần nước Đức đó bị chớnh trị húa và ý thức hệ húa, cộng với cuộc di tản khổng lồ của giới trớ thức hàng đầu ra khỏi nước Đức (chủ yếu là sang Hoa Kỳ), đó phỏ hoại toàn bộ nền giỏo dục, đại học và nghiờn cứu khoa học của quốc gia này. Sau chiến tranh thế giới lần thứ hai, cỏc trường đại học Đức tiếp tục chịu ảnh hưởng của
những xỏo trộn lịch sử từ sự chia cắt nước Đức và cuộc chiến tranh lạnh. Bờn cạnh đú, cỏc trường đại học Đức chịu sức ộp mở rộng cửa cho mọi thành phần và phải gia tăng quy mụ, thậm chớ cú trường cú số sinh viờn lờn khoảng 40 nghỡn – con số khổng lồ so với thời kỳ trước đú, mà trong đú phần lớn đi học vỡ bằng cấp để xin việc. Trong điều kiện ngõn sỏch hoạt động hạn chế và đội ngũ giỏo sư chịu ỏp lực cụng việc cao từ quy mụ sinh viờn lớn, cỏc trường đại học Đức đó phải nghiờng về giảng dạy hơn. Chớnh vỡ vậy, quy mụ hoạt động nghiờn cứu bị giảm sỳt và điều quan trọng là tinh thần khai sỏng, nghiờn cứu của cỏc trường đại học Đức đó khụng cũn mạnh như trước kia.
Nhưng điều đỏng chỳ ý nhất của cỏc trường đại học Đức, cũng như của đại đa số cỏc trường đại học Chõu Âu, từ sau chiến tranh thế giới lần thứ hai là cỏc trường này đó gần như khụng thay đổi cấu trỳc, thậm chớ cũn biến chất trước ỏp lực xó hội, giảm sỳt khả năng sẵn sàng và thớch nghi với những thay đổi chớnh trị, kinh tế xó hội diễn ra mạnh mẽ ở Chõu Âu cũng như trờn toàn thế giới. Breimer (2005) chỉ rừ xu hướng cắt giảm ngõn sỏch của cỏc chớnh phủ Chõu Âu cho giỏo dục đại học, cộng với việc cỏc hóng kinh doanh can dự ngày càng nhiều vào hoạt động của cỏc trường đại học đó khiến cỏc trường đại học “chuyển trọng tõm từ nghiờn cứu cơ bản sang nghiờn cứu ứng dụng” (trang 11), dẫn đến hệ quả là “việc so sỏnh số trớch dẫn xuất bản khoa học, sau khi được chuẩn húa theo GDP bỡnh quõn đầu người, cho thấy Hoa Kỳ đang vượt lờn trờn Chõu Âu khoảng 30%”.Breimer (2005) cũng cảnh bỏo xu hướng trong nghiờn cứu cơ bản là phần lớn giải thưởng Nobel được trao cho cỏc nhà nghiờn cứu Hoa Kỳ, đặc biệt, trong lĩnh vực vật lý và húa học, số lượng giải Nobel trao cỏc nhà nghiờn cứu Hoa Kỳ nhiều gấp năm lần so với tất cả cỏc quốc gia khỏc; Nhật Bản cũng gia tăng khả năng đoạt giải Nobel, và chắc chắn trong tương lai sẽ cú cả những nước khỏc, như Trung Quốc và Ấn Độ.
Do đú, cú thể khẳng định cỏc trường đại học nghiờn cứu Đức núi riờng và cỏc trường đại học nghiờn cứu Chõu Âu núi chung đang đối mặt với cuộc khủng hoảng về mụ hỡnh phỏt triển, như Breimer (2005) nhận xột rằng “(T)rong nửa thế kỷ vừa qua, dường như cỏc nhà chớnh trị cũng như xó hội cho rằng mục đớch của cỏc trường đại học nghiờn cứu là giải quyết hiệu quả cỏc vấn đề của sản xuất, y tế, kinh tế và xó hội” và “(Đ)iều kiện tiờn quyết là kết quả nghiờn cứu phải cú khả năng ứng dụng trực tiếp” (trang 9).Để bảo tồn và phỏt triển di sản học thuật, điều cốt yếu là phải duy trỡ được cỏc nghiờn cứu cơ bản vỡ mục đớch khỏm phỏ, chứ khụng phải lưu trữ những thành tựu quỏ khứ trong thư viện và bảo tàng. Breimer (2005) cho rằng “việc quyết định cỏc hướng đỏng nghiờn cứu khụng phải là việc của cỏc nhà chớnh trị” và “cỏc chớnh phủ và cỏc trường đại học Chõu Âu cần phải đảm bảo cú đủ khụng gian cho hoạt động nghiờn cứu thuần tỳy vỡ sự khỏm phỏ, trong đú cỏc nhà nghiờn cứu tự do theo đuổi cỏc nghiờn cứu với những kết quả khụng thể dự đoỏn trước nhưng cú nhiều hứa hẹn” (trang 11).
Trong cuộc khủng hoảng của cỏc trường đại học nghiờn cứu Chõu Âu về mụ hỡnh hoạt động, Liờn minh cỏc trường đại học nghiờn cứu Chõu Âu đó được thành lập năm 2002. Liờn mỡnh này quy tụ 21 trường đại học nghiờn cứu hàng đầu ở Chõu Âu (xem Phụ lục 3) để thỳc đẩy hoạt động tỡm kiếm tri thức mới thụng qua cỏc nghiờn cứu cơ bản làm nền tảng cho cỏc hoạt động sỏng tạo. Hoạt động của Liờn minh vượt ra khỏi biờn giới từng quốc gia và trờn tinh thần hợp tỏc giữa cỏc ngành và toàn thể cộng đồng. Mục đớch của Liờn minh là thỳc đẩy sự chia sẻ quan điểm và đưa ra đề xuất cho cỏc nhà lập phỏp, cỏc trường đại học, cỏc nghà nghiờn cứu và cỏc đối tượng hữu quan. Đõy được xem là một nỗ lực chung của những trường đại học nghiờn cứu tiờn phong tỡm hướng phỏt triển phự hợp cho chớnh cỏc trường và khẳng định vai trũ, vị thế của trường đại học nghiờn cứu trong xó hội Chõu Âu trong thế kỷ 21.
Như vậy, lịch sử phỏt triển cỏc trường đại học nghiờn cứu Chõu Âu cho thấy cỏc chớnh phủ cú vai trũ quan trọng đối với sự ra đời của trường đại học nghiờn cứu, nhưng đú cũng là yếu tố cản trở sự phỏt triển của trường đại học nghiờn cứu khi chớnh phủ can thiệp sõu và chi phối cỏc hoạt động của trường. Bờn cạnh đú, việc cỏc trường đại học nghiờn cứu Chõu Âu thay đổi trọng tõm hoạt động sang nghiờn cứu ứng dụng dưới sức ộp giải quyết nhu cầu trước mắt của xó hội dẫn đến tỡnh trạng suy thoỏi của chớnh cỏc trường cũng là bài học về định hướng phỏt triển của trường đại học nghiờn cứu. Cỏc tỏc động đú làm suy giảm tinh thần nghiờn cứu, theo đỳng bản chất của hoạt động nghiờn cứu, của cỏc nhà nghiờn cứu và sinh viờn trong cỏc trường đại học, và xu hướng suy thoỏi của trường đại học nghiờn cứu là hệ quả khụng thể trỏnh khỏi.