Do đặc điểm của các doanh nghiệp vừa và nhỏ là quy mô nhỏ, vốn ít, trình độ công nghệ thấp, năng lực quản lý hạn chế nên các doanh nghiệp này gặp rất nhiều khó khăn trở ngại trong hoạt động sản xuất kinh doanh. Dưới đây là một trong số những khó khăn trở ngại đó.
* Về tài chính: Thiếu vốn đang là một trong những khó khăn tài chính lớn nhất đối với doanh nghiệp. Nguyên nhân của tình trạng đó vừa mang tính chủ quan (từ phía doanh nghiệp) vừa do các yếu tố khách quan (từ phía môi trường kinh doanh).
* Về năng lực công nghệ và kỹ thuật hạn chế, trang bị vốn thấp (chỉ bằng 3% mức trang bị kỹ thuật trong các doanh nghiệp lớn). Nguyên nhân là do thiếu vốn để trang bị công nghệ hiện đại, chưa quan tâm đúng mức tới phát triển công nghệ, thiếu thông tin về công nghệ...
* Trình độ lao động và quản lý hạn chế.
* Thiếu thông tin, kiến thức, thiếu mặt bằng sản xuất, sự cạnh tranh gay gắt của hàng ngoại đang là những khó khăn trở ngại lớn nhất đối với các doanh nghiệp.
* Thiếu sự hỗ trợ của Nhà nước: Đây là một trong những khó khăn bao trùm, vì thiếu sự hỗ trợ cần thiết các doanh nghiệp này sẽ gặp rất nhiều khó khăn trong hoạt động kinh doanh, nhất là hỗ trợ lập nghiệp, chuyển giao công nghệ, bảo lãnh tín dụng. Hơn nữa, nhiều vấn đề tự thân các doanh nghiệp không thể giải quyết được như cơ sở hạ tầng và môi trường kinh doanh nói chung.
* Sự hỗ trợ của các tổ chức phi chính phủ và cộng đồng các hiệp hội nghề nghiệp còn gặp nhiều hạn chế.
Cùng với cuộc khủng hoảng tài chính toàn cầu, vấn đề mà tất cả các doanh nghiệp thực sự vấp phải là thị trường xuất khẩu bị thu hẹp. Trong năm
2009 vừa qua, mặc dù Chính phủ đã có nhiều biện pháp hỗ trợ, tuy nhiên mức lãi suất quá cao đồng thời thị trường chưa hoàn toàn phục hổi đã ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động của các doanh nghiệp vừa và nhỏ.
Ngoài ra, còn nhiều yếu tố tác động ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động của doanh nghiệp vừa và nhỏ, như tình trạng buôn lậu, hàng giả rất nhiều. Dưới tác động của khủng hoảng suy thoái kinh tế, giá cả hàng loạt yếu tố đều tăng, như chi phí vận tải, điện, thông tin liên lạc ... đã làm cho chi phí sản xuất của doanh nghiệp tăng lên. Trước những khó khăn đấy, trong năm nay đã có 5.800 doanh nghiệp đã giải thể, khoảng 11.500 doanh nghiệp ngừng hoạt động và 31.500 doanh nghiệp ngừng nộp thuế. Số lượng doanh nghiệp giải thể, ngừng hoạt động, ngừng đóng thuế,... trong 9 tháng từ tháng 1/2011 đến tháng 9/2011 tăng 22% (khoảng 11.000 doanh nghiệp) so với cùng kì năm 2010 [49].
Những yếu tố bên ngoài tác động gây khó khăn được doanh nghiệp đánh giá cao, còn những yếu tố phát sinh từ nội lực doanh nghiệp đều được đánh giá thấp hơn. Đây là vấn đề đòi hỏi Chính phủ, Phòng Thương mại và Công nghiệp