Quá trình hình thành và phát triển của các cơ quan thanh tra nhà nước đã đóng góp tích cực vào sự thành công của sự nghiệp cách mạng, trong những năm qua các cơ quan thanh tra thể hiện vai trò quan trọng trong hoạt động quản lý nhà nước và suốt trong quá trình đó, các cơ quan thanh tra nhà nước luôn được xác định là cơ quan thuộc hệ thống hành pháp. Tuy nhiên, quá trình tổ chức thực hiện các quy định pháp luật về tổ chức và hoạt động của các cơ quan thanh tra nhà nước bộc lộ một số hạn chế, bất cập. Cụ thể là: bất cập trong việc xây dựng định hướng chương trình, kế hoạch thanh tra chưa được cụ thể hoá; chưa có cơ chế theo dõi, kiểm tra việc thực hiện chương trình, kế hoạch thanh tra cũng như đánh giá hiệu quả hoạt động của các cơ quan thanh tra nhà nước. Bên cạnh đó, quy định của Luật không xác định rõ thời gian có hiệu lực của Kế hoạch thanh tra nên cóđịa phương đã ra quyết định thanh tra trước thời điểm kế hoạch thanh tra của năm sau có hiệu lực. Hoạt động thanh tra cũng bộc lộ những vấn đề cần tiếp tục hoàn thiện
119
như cơ chế ra quyết định thanh tra, kiểm tra, kiểm soát hoạt động của Đoàn thanh tra..., còn tình trạng chồng chéo trong hoạt động thanh tra giữa các cơ quan thanh tra nhà nước như chồng chéo trong hoạt động của Thanh tra Chính phủ với Thanh tra Tài chính và thanh tra các bộ, ngành trong việc thanh tra các tổng công ty, tập đoàn do Thủ tướng Chính phủ thành lập nhưng giao cho các bộ quản lý. Vì vậy, cần thiết phải tìm ra phương thức giải quyết phù hợp khắc phục những tồn tại, hạn chế trên.
Bên cạnh đó, cơ chế quản lý và bổ nhiệm người đứng đầu cơ quan thanh tra nhà nước và mối liên hệ giữa các cơ quan thanh tra nhà nước với nhau tồn tại những hạn chế, bất cập, tính ràng buộc thấp. Vai trò của cơ quan thanh tra cấp trên với cơ quan thanh tra cấp dưới không rõ ràng, tính chỉ đạo điều hành mang tính hệ thống yếu. Do đó, tính thống nhất của ngành và thực hiện vai trò kiểm soát của hệ thống cơ quan thanh tra với các cơ quan nhà nước khác yếu. Dễ ràng nhận thấy việc phân cấp quản lý nhà nước đồng thời phân cấp luôn hoạt động thanh tra, kiểm tra, nên cần phải làm rõ hơn vị trí pháp lý và vai trò của các cơ quan thanh tra trong quá trình thực hiện hoạt động kiểm soát các cơ quan hành chính...