-Cơ sở pháp lý cho tổ chức và hoạt động của các cơ quan thanh nhà nước tồn tại những hạn chế, bất cập,thường xuyên thay đổi. Các cơ quan thanh tra nhà nước được tổ chức theo cấp hành chính bao gồm Thanh tra Chính phủ,Thanh tra tỉnh, Thanh tra huyện và theo ngành, lĩnh vực gồm Thanh tra bộ, Thanh tra sở. Nhưng mối quan hệ giữa các cơ quan thanh tra chưa mang tính hệ thống. Hoạt động của các cơ quan thanh tra có sự chồng chéogiữa Thanh tra Chính phủ với thanh tra của các bộ, ngành; giữa thanh tra các bộ, ngành với nhau; giữa Thanh tra Chính phủ với thanh tra các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; giữa thanh tra các bộ, ngành với thanh tra của các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Chồng chéo hoạt động giữa Thanh tra tỉnh với thanh tra Thanh tra sở; Thanh tra tỉnh vớiThanh tra huyện; giữaThanh tra sở vớiThanh tra bộ.Tính độc lập, tự chịu trách nhiệm trong hoạt động thanh tra chưa được đề cao. Ví dụ 1: Một tập đoàn kinh tế do Bộ Công thương quản lý thì cơ quan này thuộc thẩm quyền thanh tra của Thanh tra Chính phủ,Thanh tra bộ Tài chính, Thanh tra của Bộ Công thương. Ví dụ 2: Khi tiến hành thanh tra việc chấp hành chính sách, pháp luật tại Tập đoàn Công nghiệp tàu thủy Việt Nam (Vinashin) năm 2011, Thanh tra Chính phủ phát hiện từ năm 2006 đến trước khi tiến hành cuộc thanh tra này, có ít nhất 12 cuộc thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, giám sát đối với các hoạt động của Tập đoàn Vinashin do các cơ quan thanh tra, kiểm tra của Đảng, Nhà nước và các tổ chức nghề nghiệp tiến hành. Trong đó có 04 cuộc thanh tra, kiểm tra chuyên ngành của Bộ Tài chính, Bộ Xây dựng, Bộ Kế hoạch và Đầu tư; 03 cuộc giám sát, kiểm tra của cơ quan Đảng, Quốc hội; 04 cuộc kiểm toán độc lập do Kiểm toán quốc tế KPMG thực hiện kiểm toán đối với báo cáo tài chính hàng năm của Tập đoàn Vinashin; 01 cuộc thanh tra của Thanh tra Chính phủ về đầu tư xây dựng 03 phòng thí nghiệm trọng điểm quốc gia[106, tr.2].
110
- Quá trình chuyển đổi nền kinh tế tập trung quan liêu bao cấp sang nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa làm phát sinh nhiều quan hệ mới chưa được pháp luật điều chỉnh hoặc chậm được điều chỉnh, hoạt động quản lý nhà nước nhà nước còn nhiều yếu kém nên làm phát sinh nhiều tiêu cực, tham nhũng; khiếu nại, tố cáo. Tuy nhiên, căn cứ để xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân để xẩy ra sai phạm thiếu hoặc không rõ ràng. Do vậy, hiệu quả của công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng chưa cao.
- Quá trình hoàn thiện bộ máy nhà nước có sự điều chỉnh chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan nhà nước, có tình trạng chồng chéo trong hoạt động của các cơ quan có chức năng thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, nhưng sự phối hợp giữa các cơ quan trong việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ chưa thực sự tích cực. Dẫn đến không cơ quan nào chịu trách nhiệm trong việc để xẩy ra các sai phạm.
- Quyền hạn của các cơ quan thanh tra nhà nước chưa tương xứng với chức năng, nhiệm vụ được giao. Hoạt động thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng liên quan đến việc đánh giá trách nhiệm của cán bộ, công chức trong việc thực hiện nhiệm vụ, công vụ cũng nhưviệc thực hiện nhiệm vụ của các cơ quan hành chính nhà nước. Tuy nhiên, các cơ quan thanh tra khi kiểm tra, xem xét, phát hiện sai phạm thì kiến nghị cơ quan có thẩm quyền biện pháp xử lý, các cơ quan thanh tra không có thẩm quyền xử lý mạnh, trực tiếp như tạm đình chỉ công tác của đối tượng thanh tra... Nhiều trường hợp cơ quan, tổ chức là đối tượng thanh tra không hợp tác với Đoàn thanh tra. Các biện pháp chế tài đảm bảo cho hoạt động thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng còn thiếu và yếu nên cũng ảnh hưởng đến việc thực hiện vai trò của các cơ quan thanh tra nhà nước. Bên cạnh đó, hoạt động thanh tra còn phụ thuộc nhiều vào mối quan hệ với thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp.