Với tốc độ phát triển kinh tế mạnh mẽ của các quốc gia trong lưu vực sông Mê Kông, trong đó có những nền kinh tế lớn như Trung Quốc, Thái Lan đã và đang tận dụng khai thác nguồn tài nguyên nước với tốc độ ngày càng nhanh. Các dự án thủy điện được xây dựn g trên sông Mê Kông sẽ biến 55% chiều dài dòng sông ở vùng hạ lưu sông Mê Kông từ một dòng sông sống thành một loạt hồ trữ nước; nước sẽ chảy chậm hơn, xen kẽ các đoạn dưới đập có dòng chảy thay đổi rất nhanh theo sự vận hành của đập. Trước đây năng lượng dòng chảy của dòng sông phân bố tương đối đều khoảng 5-50 MW/ki lô mét. Sau khi các đập dựng lên chắn ngang sông thì năng lượng sẽ tập trung khoảng 2.000 MW/đập [53]. Sự thay đổi về việc phân bố năng lượng dòng chảy sẽ gây ảnh hưởng lớn đến vận chuyển phù sa, vận chuyển chất hữu cơ , xác cây gỗ trôi , các hố sâu ở đáy sông và tạo ra những thay đổi không thể phục hồi đối với sự di cư của cá cũng như gây khó khăn cho giao thông thủy và hoạt động đánh bắt cá của người dân khu vực Đồng bằng sông Cửu Long. Nằm ở ha ̣ nguồn sông Mê Kông nên 95% lưu lượng nước Cửu Long phụ thuộc vào nguồn nước nằm ngoài biên giới quốc gia . Các công trình thủy điê ̣n quy mô lớn ở Trung Quốc trong những năm qua đã khiến nguồn nước chảy vào Việt Nam ngày càng cạn kiệt . Viê ̣c giảm dòng chảy trong mùa khô , kết hợp với biến đổi khí hâ ̣u và nước biển dâng sẽ làm gia tăng sự xâm nhâ ̣p mă ̣n làm ảnh hưởng đến sản xuất và nuôi trồng thủy sản của vùng Đồng bằng sông Cửu Long. Theo đánh giá các công trình thủy điện quy mô lớn ở Trung Quốc trong những năm qua đã khiến nguồn nước chảy vào Việt Nam ngày càng cạn kiệt. Việc giảm dòng chảy trong mùa khô, kết hợp với biến đổi khí hậu và nước biển dâng sẽ làm gia tăng sự xâm nhập mặn làm ảnh hưởng đến sản xuất và nuôi trồng thủy sản của vùng Đồng bằng sông Cửu Long. Nếu các công trình thủy điện dòng chính được xây dựng, lượng phù sa về Đồng bằng sông Cửu Long từ 26 triệu tấn/năm sẽ giảm còn 7 triệu tấn/năm và gia tăng
hiện tượng xói lở bờ sông, mặt khác lại làm suy giảm khả năng làm sạch của dòng sông [53].
Dòng sông Mê Kông hiện nay có bốn mùa: mùa nước, mùa khô và hai mùa chuyển tiếp giữa hai mùa này. Hai mùa chuyển tiếp đóng vai trò quan trọng về mặt sinh thái, chẳng hạn như là tín hiệu sinh học cho sinh vật thủy sinh trên toàn lưu vực. Khi các đập được xây dựng thì hai mùa chuyển tiếp sẽ bị rút ngắn hoặc hoàn toàn biến mất. Cá và các loài thủy sinh sẽ không còn nhận được tín hiệu của dòng sông để sinh sản hoặc thực hiện các quá trình khác. Các dự án sẽ ảnh hưởng lớn đến sự đa dạng sinh học có tầm quan trọng quốc tế. Trong đó, 80% các vùng đa dạng sinh học chính dọc theo sông Mê Kông sẽ bị ảnh hưởng, trong đó có rừng U Minh thuô ̣c tỉnh Cà Mau.