Bắt đầu giai đoa ̣n này , sự hợp tác giữa bốn quốc gia lưu vực được sự trợ giúp của tổ chức Hô ̣i đồng Kinh tế về Châu Á và Trung Đông (ECAFE), mô ̣t tromg năm Ủy ban khu vực của Hô ̣i đồng Kinh tế và Xã hô ̣i của Liên hợp quốc. Từ năm 1974 tổ chức này đổi tên thành Hô ̣i đồng Kinh tế – Xã hội Châu Á và Thái Bình Dương (ESCAP). Năm 1955, Ban thư ký của ECAFE đã thành lâ ̣p mô ̣t nhóm chuyên gia nghiên cứu mở rô ̣ng Mê Kông . Hai năm sau, nhóm nghiên cứu đã chuẩn bị một bản báo cáo ủng hộ sự tiếp cận quốc tế để phát triển sông Mê Kông . Nô ̣i dung báo cáo kêu go ̣i hợp tác chă ̣t chẽ giữa bốn quốc gia ven sông trong viê ̣c thu thâ ̣p dữ liê ̣u , kế hoă ̣ch sử du ̣ng và phát triển tài nguyên nước.
Bản báo cáo đã được ECAFE thông qua ở kỳ họp lần thứ 13 vào tháng 3 năm 1957. Trong cuộc ho ̣p này, đa ̣i diê ̣n của bốn quốc gia ven sông đã đồng ý với bản báo cáo của ECAFE và nhất trí đưa nội dung chính này vào bản tuyên bố chung . Ngày 17/9/1957, Chính phủ của Thái Lan , Campuchia, Lào và Việt Nam đã thông qua Quy chế thành lập tổ chức quốc tế liên chính phủ đó là Ủy ban Điều phối nghiên cứu Ha ̣ lưu sông Mê Kông (sau đây go ̣i là Ủy ban Mê Kông 1957). Ủy ban Mê Kông bao gồm có bốn thành viên với các đại diê ̣n toàn quyền được các quốc gia thành viên chỉ đi ̣nh (Điều 1). Chủ tịch của Ủy ban do các quốc gia thành viên luân phiên nhau một năm một lần (Điều 2). Chứ c năng chính của Ủy ban là: “thúc đẩy, giám sát, kiểm soát, quy hoạch
và nghiên cứu các dự án phát triển nguồn nước hạ lưu vực sông Mê Kông”
(Điều 4)
Trong Quy chế của Ủy ban Mê Kông quy đi ̣nh mối quan hê ̣ đă ̣c biê ̣t giữa ECAFE và Ủy ban Mê Kông. Cuô ̣c ho ̣p của Ủy ban phải có mă ̣t của các quốc gia thành viên, quyết đi ̣nh phải được sự nhất trí. Ban thư ký của ECAFE có thể tham dự bất kỳ cuộc họp nào của Ủy ban và có thể phát biểu liên quan đến các vấn đ ề đang được xem xét (Điều 5). Ủy ban cũng phải trình những báo cáo hàng năm tới các chính phủ của các quốc gia thành viên và ECAFE , cũng như gửi tới các tổ chức quốc tế hoặc các chính phủ khác nếu Ủy ban xét thấy cần thiết (Điều 6). Ủy ban có thể mời đại diện một số cơ quan đặc biệt của Liên hợp quốc tham dự cuộc họp (Điều 7)
Trong Ủy ban Mê Kông có Ban tư vấn được Ủy ban thành lâ ̣p năm 1958: “Ban tư vấn có nhiê ̣m vụ cung cấp cho Ủy ban những đề nghi ̣ liên quan đến tài nguyên nước sông Mê Kông , giúp đỡ Ủy ban trong việc lập kế hoạch , lãnh đạo , phối hợp nghiên cứu , điều tra và những hoạt động khác trong chương trình công viê ̣c hàng năm của Ủy ban . Chuyên viên trong Ban tư vấn là những chuyên gia về lĩnh vực nông nghiệp, tài chính, kinh tế và luật pháp”.
Năm 1963, Ủy ban đã thành lập Ban thư ký có chức năng chính : “Lập
chương trình cho hạ lưu vực Mê Kông ; Quản lý khía cạnh tài chính c ủa các dự án được các tổ chức và chính phủ tham gia (bao gồm chính phủ nước ngoài và các tổ chức quốc tế ); Phối hợp các dự án phát triển khác trong lưu vực”. Ban Thư ký do Trưởng điều hành Ủy ban lãnh đa ̣o . Trong việc thực hiê ̣n chức năng, Trưởng điều hành giữ liên hê ̣ với Ban thư ký của ECAFE và tuân theo sự hướng dẫn và chỉ đa ̣o của Ban thư ký ECAFE về những vấn đề chính sách. Như người đứng đầu Ban thư ký , Trưởng điều hành trợ giúp Ủy ban thực hiê ̣n những công viê ̣c thường ngày , đă ̣c biê ̣t chuẩn bi ̣ những đề nghi ̣ trợ giúp từ các quốc gia tài trợ và các tổ chức quốc tế, chuẩn bi ̣ những báo cáo cho Ủy ban , kiểm soát viê ̣c thực hiê ̣n những dự án trong khuôn khổ của Ủy
ban được các quốc gia thành viên chấp thuâ ̣n , đàm phán với chính phủ quốc gia thành viên , chỉ đạo và phối hợp những công việc về thu thập dữ liệu cần thiết liên quan đến sông Mê Kông.
Ủy ban Mê Kông do bốn quốc gia thành lâ ̣p đã hoa ̣t đô ̣ng trong 18 năm (từ năm 1957 đến năm 1995), trong thời gian này Ủy ban đã có nhiều đóng góp vào việc quản lý tài nguyên nước lưu vực sông Mê Kông . Những hiê ̣p ước quốc tế đầu tiên ký kết sau khi thành l ập Ủy ban Điều phối nghiên cứu Hạ lưu sông Mê Kông 1957 đều liên quan đến phát triển thủy điện , như Công ước 1965 quy đi ̣nh viê ̣c cung cấp điê ̣n giữa Lào và Thái Lan (dự án phu ̣ lưu Nâ ̣m Pong – Thái Lan và dự án Nậm Ngừm – Lào), mă ̣c dù những dự án này liên quan đến viê ̣c trao đổi điê ̣n giữa Lào và Thái Lan nhưng Công ước vẫn có sự tham gia ký kết của Campuchia , Viê ̣t Nam, cơ quan điều hành của Ủy ban Mê Kông quốc tế, Ban thư ký ECAFE.
Ủy ban Mê Kông quốc tế đã tiến hành được 69 kỳ họp mặc dù khu vực của các nước hạ lưu lúc đó đang có sự bất ổn về chính trị và đồng thời nhận được nhiều nguồn viê ̣n trợ quốc tế cho viê ̣c nghiên cứu, khảo sát…
Mô ̣t đóng góp quan tro ̣ng của Ủy ban là tại cuộc họp lần thứ 68 của Ủy ban Mê Kông quốc tế từ 29/01 đến 03/02/1975 tại Viên Chăn thì các quốc gia đã thông qua Tuyên bố chung về nguyên tắc sử du ̣ng nước ở ha ̣ lưu sông Mê Kông. Tuyên bố này đã đưa ra các mục tiêu: “Bảo đảm sao cho viê ̣c duy trì , phát triển và khai thác tài nguyên nước của lưu vực được tiến hành tốt nhất vì lợi ích của tất cả các quốc gia trong lưu vực ; Đẩy mạnh hợp tác khu vực trên cơ sở quản lý đúng đắn tài nguyên nước của lưu vực...”
Từ năm 1975 đến năm 1977, Ủy ban Mê Kông không thực hiện được chức năng và nhiê ̣m vu ̣ do những sự kiê ̣n bất ổn về chính tri ̣ , quân sự ở Campuchia và chiến tranh biên giới ở Viê ̣t Nam, Ủy ban Mê Kông ngừng hoa ̣t đô ̣ng.