Một khó khăn lớn xuất phát từ nội tại của đội tàu biển chính là vấn đề chất lượng đội tàu biển. Hiện nay tuổi trung bình của đội tàu biển Việt Nam là 18,5 so với tuổi trung bình của đội tàu biển trên thế giới là 14 và của các nước đang phát triển là 15. Tàu dưới 15 tuổi chủ yếu có trọng tải dưới 1000 DWT. Hiện có tới 173 tàu, chiếm 26% số lượng tàu trên 2000 DWT (651 tàu) trên 20 tuổi. Tuổi tàu cao cũng đồng nghĩa với công nghệ lạc hậu, thiết kế không còn phù hợp với vận tải hiện đại ngày nay. Kết quả điều tra cho thấy đa số các
hãng tàu đều cho rằng khả năng cạnh tranh thấp của họ chủ yếu do đội tàu già, lạc hậu.
Chất lượng đội tàu biển Việt Nam nhìn chung vẫn chưa đáp ứng được những yêu cầu ngày càng cao về kỹ thuật, những yêu cầu của công ước quốc tế về hàng hải. Đội tàu già, chất lượng còn thấp đã khiến Việt Nam loay hoay mãi mà chưa thoát ra khỏi danh sách 10 nước có số tàu biển bị lưu giữ nhiều nhất cũng như vẫn nằm trong danh sách đen của Tokyo MOU. Điều này không chỉ gây thiệt hại cho chủ tàu của ta mà còn làm ảnh hưởng đến uy tín, năng lực cạnh tranh của đội tàu biển quốc gia. Theo thống kê sơ bộ, hiện tại cả nước có trên 1.000 tàu với tổng trọng tải khoảng hơn 3,5 triệu tấn, trong đó chỉ có hơn 300 tàu hoạt động tuyến quốc tế. Gần đây đội tàu phát triển mạnh, song chưa có được chiến lược rõ ràng, phần lớn vẫn đầu tư manh mún, không bền vững.
Trong khi thế giới đang ngày càng chú trọng đến việc phát triển các thế hệ tàu biển có sức chở lớn cũng như các tàu chuyên dụng thì các doanh nghiệp Việt Nam chỉ có phần lớn các tàu vận tải hàng khô với trọng tải nhỏ, chủ yếu không quá 20.000 tấn. Xu hướng vận tải của thế giới hiện nay là hàng container, trong khi đội tàu container của Việt Nam chỉ chiếm khoảng 2% số lượng tàu với 7% số tấn trọng tải.