Thực tế hiện nay, ngành vận tải biển Việt Nam có một số thuận lợi cả về vị trí địa lý, điều kiện kinh tế và nhân lực có thể kể đến như sau:
- Đất nước có bờ biển dài, nhiều vị trí có điều kiện địa lý tự nhiên thích hợp cho việc xây dựng cảng biển;
- Nguồn nhân lực dồi dào, có trình độ chuyên môn, giá nhân công ở mức thấp so với khu vực;
- Nền kinh tế của đất nước đang trên đà phát triển, nhu cầu vận chuyển hàng hoá giữa các vùng miền trong nước và xuất nhập khẩu không ngừng tăng cao;
- Chính phủ đã và đang thực hiện chính sách mở cửa, tạo điều kiện cho việc phát triển kinh tế biển, trong đó có vận tải biển;
Tuy nhiên vận tải biển vẫn còn một số khó khăn, đó là:
- Phần lớn các cảng biển Việt Nam được xây dựng sâu trong sông và trong các đô thị lớn nên bị hạn chế về luồng lạch, tàu có trọng tải lớn khó ra vào làm hàng, việc giải phóng hàng ra khỏi cảng cũng gặp khó khăn; do luồng lạch dài và có nhiều bồi lắng nên chi phí nạo vét luồng lạch hàng năm lớn;
- Trang thiết bị của các cảng còn lạc hậu, chưa được đầu tư hiện đại hoá, năng suất bốc dỡ thấp, nhiều loại chi phí, dẫn đến tính cạnh tranh thấp;
- Đội tàu vận tải biển Việt Nam còn nhỏ cả về quy mô, số lượng và thiếu về chủng loại; chưa có được đội tàu chuyên dụng như tàu container, tàu dầu, tàu chở hoá chất...Trang thiết bị trên tàu còn lạc hậu, hiệu quả quản lý, khai thác kém;
- Giá thành vận chuyển của đội tàu vận tải biển Việt Nam còn cao so với một số nước trong khu vực, khả năng cạnh tranh kém.
- Chính phủ tuy đã ban hành một số cơ chế, chính sách để khuyến khích và thúc đẩy sự phát triển của vận tải biển. Tuy nhiên các chính sách này vẫn chưa đồng bộ hoặc chưa được thực thi áp dụng triệt để, do vậy chưa thực sự tạo đà, thúc đẩy vận tải biển phát triển.