Ngày 09/12/1975, Trạm xăng dầu Nha Trang, tiền thõn Petrolimex KhanhHoa thành lập theo quyết định 346/XD-QĐ của Tổng giỏm đốc Tổng cụng ty xăng dầu. Khi thành lập với 58 CBCNV, nhiệm vụ chủ yếu là tiếp nhận cỏc cơ sở vật chất của cỏc hóng xăng dầu chế độ cũ để quản lý, tu bổ và thực hiện việc cấp phỏt xăng dầu phục vụ cỏc nhu cầu kinh tế, quốc phũng và dõn sinh khu vực Phỳ Yờn, Khỏnh Hũa.
Thỏng 6/1980, Tổng cụng ty xăng dầu ban hành quyết định 149/XD-QĐ chuyển Trạm xăng dầu Nha Trang thành Tổng kho xăng dầu Phỳ Khỏnh và tiếp nhận một số CBCNV của Cụng ty vật tư Phỳ Khỏnh để thực hiện nhiệm vụ tổ chức kinh doanh xăng dầu và đầu tư cơ sở vật chất kỹ thuật chuyờn ngành tại tỉnh Phỳ Khỏnh.
Thỏng 7/1988 Tổng cụng ty tiếp tục ban hành quyết định 66/XD-QĐ chuyển Tổng kho xăng dầu Phỳ Khỏnh thành Xớ nghiệp Xăng dầu Phỳ Khỏnh trực thuộc Tổng cụng ty Xăng dầu Việt Nam.
Thỏng 3/1991 Xớ nghiệp xăng dầu Phỳ Khỏnh được chuyển thành Cụng ty Xăng dầu Phỳ Khỏnh theo quyết định 216/TN-QĐ của Bộ trưởng Bộ Thương nghiệp và ngày 31/3/1993, Bộ Thương Mại ban hành quyết định 360/TM-TCCB về việc thành lập Cụng ty Xăng dầu Phỳ Khỏnh thuộc Tổng cụng ty xăng dầu Việt Nam.
Ngày 01/07/2010 Cụng ty Xăng dầu Phỳ Khỏnh chuyển đổi thành Cụng ty Trỏch nhiệm hữu hạn một thành viờn Xăng dầu Phỳ Khỏnh do Tổng cụng ty Xăng dầu Việt nam làm chủ sở hữu theo quyết định 387/XD-QĐ-HĐQT, ngày 28/6/2010 của Hội đồng quản trị Tổng cụng ty Xăng dầu Việt nam.
Quỏ trỡnh thành lập đến nay, hoạt động kinh doanh của cụng ty cú nhiều thay đổi qua từng thời kỳ và cú thể chia làm 4 giai đoạn sau đõy
- Giai đoạn cung ứng xăng dầu theo chỉ tiờu hạn mức (1975-1990): Nhiệm vụ cung ứng xăng dầu mang tớnh bao cấp, cấp phỏt theo chỉ tiờu kế hoạch, khụng phản ỏnh thực chất của yếu tố kinh doanh. Nhiệm vụ cụng ty là xuất cấp đỳng đối tượng, khụng vượt chỉ tiờu, hạch toỏn thống kờ kịp thời, chớnh xỏc, chấp hành đỳng cỏc quy định.
- Giai đoạn chuyển tiếp từ hoạt động bao cấp sang phương thức kinh doanh theo cơ chế thị trường (1991-2000): Giai đoạn này cơ chế bao cấp cơ bản bị xúa bỏ, cỏc đối thủ cạnh tranh xuất hiện.
- Giai đoạn phỏt triển mạnh và hoàn thiện cơ chế kinh doanh (2001-2005): trong giai đoạn hệ thống cửa hàng của doanh nghiệp tư nhõn và cỏc doanh nghiệp ngoài ngành phỏt triển khỏ mạnh, xuất hiện nhiều cửa hàng với quy mụ và mức đầu tư lớn.
- Giai đoạn hoàn thiện cơ chế kinh doanh và phỏt triển bền vững (2006-2011): Giai đoạn này thị trường xăng dầu cú điều kiện phỏt triển cựng với những thuận lợi là những khú khăn thỏch thức với sự cạnh tranh ngày càng gay gắt… Bờn cạnh thực hiện tốt chức năng nhiệm vụ điều tiết thị trường, cụng ty xỏc định mục tiờu trở thành doanh
nghiệp chuyờn kinh doanh xăng dầu hàng đầu trờn địa bàn, củng cố và duy trỡ vị thế nhằm đạt đến sự phỏt triển bền vững. Cụng ty đổi mới phương thức kinh doanh, hoàn thiện năng lực quản lý, nõng cao chất lượng hoạt động nhằm mục tiờu thoả món tốt nhất cho khỏch hàng và phỏt triển thờm khỏch hàng mới, phỏt triển hệ thống phõn phối. Giai đoạn này cụng ty cú bước phỏt triển vượt bậc, tạo ra ấn tượng về sản lượng bỏn ra và lợi nhuận kinh doanh.