Văn kiện Đại hội Đảng bộ tỉnh lần thứ XVI nêu: "Thúc đẩy chuyển dịch và hoàn thiện cơ cấu kinh tế công nghiệp - dịch vụ - nông, lâm, thủy sản, tiến tới sau năm 2010 chuyển sang cơ cấu “dịch vụ - công nghiệp, xây dựng - nông, lâm, thủy sản”. Để góp phần
thực hiện nhiệm vụ chuyển dịch cơ cấu kinh tế như trên, định hướng thu hút vốn FDI thời gian tới về ngành trọng điểm sẽ là [25, tr.42]:
- Về dịch vụ: tập trung kêu gọi, đặc biệt là thu hút các dự án FDI về dịch vụ du
lịch. “Đầu tư phát triển du lịch với vai trò là ngành kinh tế mũi nhọn của tỉnh, tạo nền tảng để phát triển mạnh các ngành dịch vụ đến năm 2015. Nghiên cứu từng bước xây dựng Khánh Hòa thành đô thị du lịch ven biển chất lượng cao”. Nghị quyết Đại hội Đảng bộ tỉnh lần thứ XVI nêu: Ưu tiên phát triển các loại hình du lịch nghỉ dưỡng biển, du lịch sinh thái, du lịch văn hoá - lịch sử, xây dựng các trung tâm hội nghị, triển lãm quốc tế…, trong đó đặc biệt khuyến khích đầu tư xây dựng các khu du lịch liên hoàn đạt tiêu chuẩn quốc tế tại các khu vực ven biển, xây dựng các cụm khách sạn, dịch vụ cao cấp ở khu vực trung tâm tỉnh; phát triển du lịch trong thế liên kết chặt chẽ với du lịch miền Trung - Tây Nguyên và cả nước.
- Về công nghiệp: định hướng chung trong hoạt động thu hút FDI vào ngành công
nghiệp là phải có tính chọn lọc thật kỹ, theo đó cần tập trung vào các dự án có ngành hàng và sản phẩm sử dụng công nghệ hiện đại, kỹ thuật tiên tiến, có hàm lượng chất xám cao; coi trọng thu hút các dự án phát triển công nghiệp phụ trợ và công nghiệp sản xuất hàng xuất khẩu. Các dự án đặc biệt ưu tiên kêu gọi FDI vào lĩnh vực công nghiệp là công nghệ thông tin, điện tử, hoá được.
Ngoài ra, Khánh Hòa cần ưu tiên kêu gọi, thu hút các dự án FDI để phát triển các dịch vụ cảng biển, tài chính, ngân hàng, bảo hiểm, bưu chính viễn thông, tư vấn, chuyển giao công nghệ. Các dự án đặc biệt khuyến khích đầu tư trong lĩnh vực dịch vụ là: trường quốc tế, bệnh viện khu vực, khu nghỉ mát 5 sao, vận tải hành khách công cộng; xây dựng Cảng biển quốc tế Vân Phong theo hình thức BOT, BTO hoặc BT.