Thẩm quyền giải quyết khiếu nại tức là quyền xem xét để kết luận vấn đề mà chủ thể của quyền khiếu nại đưa ra. Thẩm quyền giải quyết khiếu nại vốn là một vấn đề khá phức tạp vì liên quan và tác động trực tiếp đến việc xem xét và giải quyết khiếu nại. Xem xét và phân định rõ thẩm quyền, chức năng của các cơ quan tài phán hành chính là yêu cầu quan trọng để tránh sự chồng chéo, đùn đẩy lẫn nhau trong quá trình hoạt động. Đồng thời, xác định một cách rõ ràng thẩm quyền sẽ góp phần qui định quyền và nghĩa vụ của cơ quan tài phán hành chính trong cơ chế giải quyết khiếu nại và khiếu kiện hành chính ở Việt Nam.
Ở các nước, thẩm quyền của các cơ quan tài phán hành chính được qui định khác nhau, hoặc qui định theo nguyên tắc chung, hoặc qui định cụ thể về cơ quan có thẩm quyền giải quyết trong các văn bản quản lý của các lĩnh vực.
Cộng hoà Pháp đề ra nguyên tắc: tranh chấp xảy ra mà một bên là cơ quan quản lý công hoặc không phải cơ quan quản lý công nhưng được uỷ nhiệm thực thi một công vụ thì thuộc thẩm quyền xét xử của cơ quan tài phán hành chính. Luật Tố tụng Hành chính của Cộng hoà liên bang Đức qui định một nguyên tắc chung nhất: bản chất của luật được áp dụng sẽ xác định loại cơ quan tài phán có thẩm quyền với tư tưởng chỉ đạo là cơ quan hành chính hoạt động như một tổ chức, cá nhân bình thường (như mua đất, đồ vật hoặc tham gia một hợp đồng dân sự…) thì chịu sự điều chỉnh của luật tư, còn khi hành động với tính chất quyền lực công thì thuộc thẩm quyền xét xử của cơ quan tài phán hành chính. Còn Trung Quốc thì không qui định nguyên tắc chung mà qui định rõ trong Luật Tố tụng Hành chính những vụ việc nào thuộc thẩm quyền xét xử của toà hành chính.
Tương tự Trung Quốc, pháp luật Việt Nam hiện quy định những vụ việc thuộc thẩm quyền xét xử của toà hành chính. Điều 11 Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính (sửa đổi, bổ sung năm 2006) qui định:
“Các khiếu kiện thuộc thẩm quyền giải quyết của Toà án: 1. Khiếu kiện quyết định xử phạt vi phạm hành chính;
2. Khiếu kiện quyết định áp dụng các biện pháp ngăn chặn và bảo đảm việc xử lý vi phạm hành chính;
3. Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong việc áp dụng biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính;
4. Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong việc áp dụng hoặc thi hành biện pháp xử lý hành chính bằng một trong các hình thức giáo dục tại xã, phường, thị trấn; đưa vào trường giáo dưỡng; đưa vào cơ sở giáo dục; đưa vào cơ sở chữa bệnh; quản chế hành chính;
5. Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong việc áp dụng biện pháp buộc tháo dỡ nhà ở, công trình, vật kiến trúc kiên cố khác;
6. Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong việc cấp, thu hồi giấy phép về xây dựng cơ bản, sản xuất, kinh doanh; giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và chứng chỉ hành chính hoặc khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính khác liên quan đến hoạt động kinh doanh, tài chính của thương nhân;
7. Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính liên quan đến thương mại hàng hoá quốc tế hoặc trong nước;
8. Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính liên quan đến chuyển giao tài chính trong nước và quốc tế, dịch vụ và cung ứng dịch vụ;
9. Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong việc trưng dụng, trưng mua, tịch thu tài sản;
10. Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong việc áp dụng thuế, truy thuế, truy thu thuế;
11.Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong việc áp dụng thu phí, lệ phí; thu tiền sử dụng đất;
12.Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong quản lý nhà nước về sở hữu trí tuệ và chuyển giao công nghệ;
13.Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong quản lý nhà nước về đầu tư;
14.Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính của cơ quan hải quan, công chức hải quan;
15.Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính về quản lý hộ tịch;
16.Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính đối với việc từ chối công chứng, chứng thực;
17.Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính về quản lý đất đai trong trường hợp giao đất, cho thuê đất, thu hồi đất, trưng dụng đất, cho phép chuyển dịch mục đích sử dụng đất; bồi thường, hỗ trợ, giải phóng mặt bằng, tái định cư; cấp hoặc thu hồi giấy chứng nhận quyền sử dụng đất; gia hạn thời hạn sử dụng đất;
18.Khiếu kiện về danh sách cử tri bầu cử địa biểu Quốc hội, danh sách cử tri bầu cử đại biểu Hội đồng nhân dân;
19.Khiếu kiện quyết định kỷ luật buộc thôi việc cán bộ, công chức giữ chức vụ từ Vụ trưởng và tương đương trở xuống;
20.Khiếu kiện quyết định của Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương giải quyết khiếu nại đối với quyết định của Ban Chủ nhiệm, Hội đồng khen thưởng; kỷ luật của Đoàn Luật sư; 21.Khiếu kiện quyết định giải quyết khiếu nại về quyết định xử lý vụ việc cạnh tranh;
22.Các khiếu kiện khác theo qui định của pháp luật Việt Nam và điều ước quốc tế mà Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.” [41].
So với Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính ban hành năm 1996, số khiếu kiện thuộc thẩm quyền xét xử của toà hành chính qui định trong Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính (sửa đổi, bổ sung) năm 2006 đã tăng từ 8 lên đến 22 loại khiếu kiện. Đây là sự mở rộng thẩm quyền của toà hành chính theo yêu cầu của thực tiễn đa dạng của quản lý hành chính nhà nước. Tuy nhiên, theo thống kê của ngành Thanh tra, mỗi năm cả nước phát sinh khoảng 150.000 vụ việc khiếu nại hành chính liên quan đến hầu hết mọi lĩnh vực của đời sống kinh tế - xã hội. Do đó, để giải quyết số lượng vụ việc khiếu nại hành chính khổng lồ này, Luật Khiếu nại, tố cáo qui
định trách nhiệm cho thủ trưởng các cơ quan hành chính nhà nước (từ Chủ tịch xã đến trưởng các phòng, ban, sở, ngành, quận, huyện, tỉnh thành, bộ ngành) cùng thanh tra các cấp, các ngành và mọi lực lượng có thể để tham gia xác minh, thẩm tra vụ việc khi cần thiết. Điều này gây ra cản trở không nhỏ cho hoạt động của cơ quan hành chính nhà nước. Vì vậy, thiết lập một hệ thống cơ quan chuyên trách giải quyết các khiếu nại hành chính sẽ góp phần “giải phóng” cho cơ quan hành chính khỏi nhiệm vụ “tài phán”.
Trên cơ sở những qui định về thẩm quyền của toà hành chính ở nước ta, cơ quan tài phán hành chính nên được qui định có thẩm quyền giải quyết các khiếu kiện của cơ quan, tổ chức và cá nhân. Đối với các quyết định, hành vi hành chính; khiếu nại quyết định kỷ luật cán bộ, công chức (trừ các quyết định hành chính, hành vi hành chính trong chỉ đạo điều hành giữa cấp trên với cấp dưới; quyết định hành chính, hành vi hành chính liên quan đến an ninh, quốc phòng và ngoại giao) đều được xem xét, giải quyết theo thủ tục tài phán. Một vấn đề cần quan tâm trong việc xác định thẩm quyền cho cơ quan tài phán hành chính là phải xác định được quyết định hành chính và hành vi hành chính nào là đối tượng của tài phán hành chính. Đây là một vấn đề tương đối mới đối với cả cơ quan tư pháp và cơ quan hành chính. Trong giai đoạn xây dựng nhà nước pháp quyền hiện nay, yêu cầu hoàn thiện cơ chế tài phán hành chính là cần thiết. Cần xác định phạm vi xét xử của cơ quan tài phán trước khi hệ thống cơ quan này được thành lập trong thực tế.
Ở mỗi nước, việc thực hiện chế định tài phán hành chính rất khác nhau. Có thể thấy ở Trung Quốc, không cho phép viên chức được khiếu kiện các quyết định của cơ quan quản lý mình trong khi một số nước khác lại cho phép (như Việt Nam cho phép khiếu kiện quyết định kỷ luật buộc thôi việc đối với cán bộ, công chức giữ chức vụ từ Vụ trưởng trở xuống (Khoản 19 Điều 11 Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính)… Bên cạnh đó, hiện nay
pháp luật Việt Nam cũng chưa có qui định cụ thể, thống nhất về quyết định cá biệt. Về nguyên tắc, quyết định giải quyết các việc cá biệt (quyết định áp dụng pháp luật) lần đầu do các cơ quan hành chính, người có thẩm quyền ban hành bị khiếu nại mới là đối tượng của tài phán hành chính, song thực tế, việc xác định quyết định hành chính nào là đối tượng của toà hành chính vẫn chưa thực sự rõ ràng, còn nhiều bất cập. Khoản 10 Điều 2 Luật khiếu nại, tố cáo và khoản 1 Điều 4 Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính định nghĩa:
Quyết định hành chính là quyết định bằng văn bản của cơ quan hành chính nhà nước hoặc của người có thẩm quyền trong cơ quan hành chính nhà nước được áp dụng một lần đối với một hoặc một số đối tượng cụ thể về một vấn đề cụ thể trong hoạt động quản lý hành chính. [41].
Như vậy, khái niệm về quyết định hành chính tại Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính và Luật khiếu nại, tố cáo không hoàn toàn phù hợp với nhau. Trong định nghĩa về quyết định hành chính của Pháp lệnh Thủ tục giải quyết các vụ án hành chính mặc nhiên coi tất cả các cơ quan nhà nước (bao gồm của Tòa án nhân dân, Viện kiểm sát nhân dân các cấp) là cơ quan hành chính giống như các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, cơ quan nhà nước địa phương). Điều đó gây ra nhiều khó khăn cho việc xác định loại quyết định hành chính thuộc thẩm quyền tài phán của toà hành chính trong thực tiễn xét xử hiện nay.
Bên cạnh đó, theo hướng dẫn của Toà Hành chính Toà án nhân dân tối cao, đối với một số trường hợp, một số cơ quan, tổ chức, người có thẩm quyền không thực hiện theo đúng quy định mà ban hành những văn bản dưới hình thức công văn, báo cáo kết luận, thông báo… nhưng các văn bản này lại có tính bắt buộc thi hành như là quyết định và các cơ quan nhà nước hoặc cán bộ, công chức có thẩm quyền căn cứ vào văn bản này để thi hành như yêu cầu
của quyết định hành chính thì cũng được coi là quyết định hành chính. Điều đó có nghĩa là những văn bản loại này có thể là đối tượng của tài phán hành chính khi xảy ra khiếu kiện. Nếu căn cứ vào chủ thể ban hành quyết định hành chính hay thực hiện hành vi hành chính thì rất khó để xác định chính xác các đối tượng của tài phán hành chính vì thực tế không chỉ cơ quan nhà nước và cán bộ, công chức có thẩm quyền mà còn nhiều chủ thể khác cũng có thẩm quyền ban hành quyết định hành chính cá biệt (như quyết định kỷ luật của thủ trưởng cơ quan đối với nhân viên). Tương tự, vấn đề xác định hành vi nào của cơ quan hành chính, cán bộ, công chức có thẩm quyền vi phạm được khởi kiện tại cơ quan tài phán hành chính cũng cần làm rõ. Đây là một vấn đề khó khăn cần giải quyết rõ ràng để tránh xảy ra xung đột thẩm quyền khi cơ quan tài phán hành chính được thiết lập.
Khi giải quyết vụ án hành chính, cơ quan tài phán hành chính ra phán quyết về quyết định hay hành vi hành chính bị khiếu kiện trên cơ sở: quyết định hay hành vi hành chính đó trái quy định của pháp luật hay văn bản của cấp trên không; quyết định hay hành vi đó được ban hành, thực hiện đúng thẩm quyền không. Nếu cơ quan tài phán hành chính thấy quyết định hay hành vi hành chính bị khiếu kiện là không hợp lệ thì sẽ ra quyết định (có giá trị như bản án, có thể bị Tòa án nhân dân tối cao giám đốc thẩm nếu có kháng nghị), yêu cầu cơ quan hành chính hoặc người có thẩm quyền phải bồi thường hoặc khôi phục lại những thiệt thòi cho người khiếu kiện. Ngoài ra, cơ quan tài phán hành chính không có thẩm quyền xem xét các trách nhiệm khác (hình sự, dân sự, lao động…) liên quan hoặc phát sinh trong khiếu kiện hành chính.
Trong quá trình giải quyết khiếu nại hành chính, cơ quan tài phán hành chính được ban hành các quyết định như: buộc tạm dừng hoặc huỷ bỏ việc thực hiện các biện pháp ngăn chặn, cưỡng chế thi hành quyết định xử phạt hành vi hành chính, các biện pháp hành chính khác, tháo dỡ công trình, trưng