Việc tổ chức đánh giá các HĐGDNGLL là việc làm không dễ dàng, song việc đánh giá hợp lý sẽ động viên, thúc đẩy cho hoạt động có hiệu quả và ngược lại. Đánh giá HĐGDNGLL rất khó vì có nhiều hoạt động và kết quả không rõ ngay được. Khi đánh giá phải đảm bảo tính trung thực, khách quan, công bằng và tạo được niềm tin, cảm hứng cho các học sinh tham gia các hoạt động tiếp theo.
Đánh giá mức độ đạt được của học sinh về khối lượng công việc, số lượng học sinh tham gia các hoạt động, các sản phẩm hoạt động, tinh thần trách nhiệm của học sinh, sự đoàn kết giúp đỡ lẫn nhau trong hoạt động, ý thức, thái độ tham gia hoạt động (tính kỷ luật, tính tích cực, tính chủ động, sáng tạo…), hứng thú của học sinh đối với hoạt động (mức độ ham thích đối với hoạt động), với đặc trưng của HĐGDNGLL, có những sản phẩm không đo bằng phương pháp kiểm tra hoặc phiếu hỏi mà phải chủ động quan sát, trò chuyện, lấy ý kiến chuyên gia.
Đánh giá cần so sánh với mục tiêu đề ra ban đầu, nguyên nhân, bài học kinh nghiệm, cần nêu đề xuất kiến nghị để làm tốt hơn trong lần sau, cần kích thích học sinh, GV tích cực tham gia HĐGDNGLL bằng cách đưa thi đua vào từng hoạt động. Thi đua là biện pháp thúc đẩy sự phát triển, bất kỳ hoạt động nào muốn hiệu quả đều cần gắn với thi đua. HĐGDNGLL cần phải gắn với thi đua và được đánh giá đúng vị trí của nó trong việc nâng cao chất lượng giáo dục.
Nhà quản lý cần phải đưa ra các tiêu chí HĐGDNGLL cụ thể, phải xây dựng thành một trong những tiêu chí xếp loại hạnh kiểm của học sinh. Muốn vậy, cần phải xây dựng tiêu chí thi đua cho hoạt động này về chuyên cần, thái