BIDV Nghệ An được tổ chức theo mô hình chức năng phân chia theo các khối nghiệp vụ, bao gồm: Khối Quan hệ khách hàng có phòng Quan hệ khách hàng 1, phòng Quan hệ khách hàng 2, phòng Quan hệ khách hàng cá nhân, Khối tác nghiệp có phòng Quản trị tín dụng, phòng giao dịch khách hàng doanh nghiệp, phòng giao dịch khách hàng cá nhân, phòng dịch vụ kho quỹ, Khối Quản lý rủi ro có phòng Quản lý rủi ro, Khối nội bộ có phòng Tài chính Kế toán, phòng Tổ chức nhân sự, Văn phòng, phòng Điện toán, Khối trực thuộc có 4 phòng giao dịch và 2 quỹ tiết kiệm. Cơ cấu này có ưu điểm là có đội ngũ tiếp thị sản phẩm dịch vụ ngân hàng đến khách hàng và sẵn sàng phục vụ bán hàng cho khách hàng.
Tuy nhiên, với sự mở rộng mạng lưới chi nhánh, sự gia tăng khối lượng khách hàng cũng như nhu cầu phong phú về sản phẩm dịch vụ ngân hàng của khách hàng thì mô hình tổ chức này có những nhược điểm:
- Việc quản lý khách hàng không chặt chẽ do không có sự phân công trách nhiệm rõ ràng giữa các phòng khi cùng quản lý một đối tượng khách hàng.
- Việc phân chia theo các khối nghiệp vụ đòi hỏi nhân viên và cán bộ lãnh đạo khối Quan hệ khách hàng phải đầu tư chuyên sâu tất cả các sản phẩm dịch vụ, từ đó có thể nâng cao khả năng bán sản phẩm ngân hàng. Nếu không dễ dẫn đến việc hướng dẫn khách hàng gặp nhiều sai sót.
BIDV Nghệ An được điều hành bởi một đội ngũ lãnh đạo có trình độ và nhiều kinh nghiệm, đã từng làm việc nhiều năm trong ngành ngân hàng. Tuy nhiên hoạt động quản trị rủi ro của ngân hàng chưa đáp ứng được yêu cầu do thiếu nhân sự. Bộ máy tổ chức chưa theo định hướng khách hàng, thiếu bộ phận nghiên cứu và phát triển sản phẩm, bộ phận chăm sóc khách hàng.
Điểm mạnh nổi bật trong mô hình tổ chức và quản trị điều hành của BIDV Nghệ An là do BIDV Nghệ An đã được chuyển đổi mô hình tổ chức theo thông lệ quốc tế, phòng ban trong Chi nhánh được tổ chức gọn nhẹ và chuyên nghiệp, đội ngũ cán bộ lãnh đạo có nhiều kinh nghiệm điều hành và có uy tín đối với chính quyền địa phương. Điểm yếu của mô hình tổ chức này đòi hỏi cán bộ phải có tinh thần phối hợp làm việc theo nhóm, tuy nhiên đây lại là điểm yếu của cán bộ BIDV Nghệ An. Bộ máy nhân lực quản lý rủi ro của Chi nhánh chưa đáp ứng được với yêu cầu thực tế.