Những hạn chế trong lĩnh vực y tế và chăm sóc sức khỏe bắt nguồn từ các nguyên chủ quan lẫn khách quan trong điều kiện Việt nam hiện nay như sau:
- Việt nam vẫn còn là một nước nghèo với tổng thu nhập quốc dân chỉ hơn 100 tỷ USD nhưng phải chăm lo sức khỏe cho 90 triệu dân. Nhu cầu CSSK nhân dân ngày một cao trong điều kiện ngân sách hạn hẹp.
- Nền kinh tế thị trường đã làm phân hóa giàu nghèo ngày một sâu sắc trong khi định hướng xã hội chủ nghĩa lại yêu cầu dịch vụ y tế phải đảm bảo tính công bằng. Ngành y phải gánh hai nhiệm vụ lớn: vừa phải đảm bảo về chuyên môn, vừa lấp đầy khoảng trống bất công bằng do thị trường để lại.
- Cơ cấu bệnh tật thay đổi: hiểm họa tự nhiên do biến đổi khí hậu, tai nạn thương tích gia tăng. Hơn nữa, Việt nam đang ở giai đoạn giao thời với cơ cấu bệnh tật gánh cả hai vai: một vai là cơ cấu bệnh tật của nước nghèo với các bệnh nhiễm trùng, vai kia đã phải gánh gánh nặng bệnh tật của các nước giàu với các bệnh không lây nhiễm tăng nhanh vì vậy chính sách y tế vừa phải quan tâm tới công tác phòng dịch cho toàn cộng đồng, vừa phải phát triển y tế kỹ thuật cao, y tế chuyên sâu.
- Cơ cấu chi không hợp lý giữa y tế dự phòng và y tế KCB, giữa tuyến cơ sở với tuyến trung ương, giữa chi tư và chi công, giữa đảm bảo phúc lợi của người giàu với phúc lợi của người nghèo.
-Công tác quản lý còn nhiều bất cập, từ pháp luật, chính sách đến quản lý ở các đơn vị, ở mỗi bệnh viện còn nhiều chồng chéo, sơ hở, lúng túng, nhiều bất cập.
- Bảo hiểm y tế còn ở mức sơ khai, thực tế vận hành còn nhiều bất cập. Mức phí thấp, quyền lợi của người sử dụng và cung cấp dịch vụ đều không được đảm bảo nên gây ra sự không hài lòng cho tất cả khiến BHYT không thực sự mang lại niềm tin cho các bên.