Các hoạt động tại khu vực cảng biển sẽ gây ảnh hưởng đến môi trường sống của hệ sinh thái thủy sinh khu vực. Theo thời gian, hệ sinh thái này sẽ phát triển theo hướng thích nghi với môi trường sống mới nên cơ cấu thành phần và chủng loại sẽ có những thay đổi nhất định.
Các hoạt động vận chuyển, bốc xếp hàng hoá phát sinh bụi khí thải gây ảnh hưởng đến quá trình sinh trưởng và phát triển của hệ thực vật trong khu vực cảng biển, hai bên các tuyến đường vận chuyển bụi phát tán sẽ phủ lên bề mặt lá cây làm giảm khả năng quang hợp của chúng, tốc độ tăng trưởng và phát triển của cây bị hạn chế.
Hoạt động cảng biển sẽ gây ảnh hưởng tiêu cực chất lượng môi trường nước biển làm giảm nguồn lợi thuỷ sản, tiềm ẩn nhiều sự cố rủi ro như: tai nạn lao động, sự cố cháy nổ, sự cố thiên tai, sự cố tràn dầu,... trong đó sự cố tràn dầu là một trong
những sự cố tương đối phổ biến và là thảm họa lớn nhất của ngành hàng hải. Ngoài khả năng gây ô nhiễm môi trường nước ở mức độ nghiêm trọng, dầu mỏ, hoá chất độc hại có thể ảnh hưởng nặng đến đời sống của các loài thuỷ sinh và hệ sinh thái ven bờ.
Mặc dù hệ thống luồng hàng hải của cảng biển khu vực Khánh Hòa có độ sâu tự nhiên tốt, ít khi phải nạo vét, duy tu luồng, bến cảng, kè biển,... tuy nhiên hoạt động này cũng làm ảnh hưởng không nhỏ đến môi trường biển, đặc biệt là việc nạo vét, duy tu luồng, vùng quay trở trước cầu cảng. Hoạt động nạo vét luồng tàu đã gây ra đục hóa, sa bồi, xói lở, thay đổi cấu trúc thủy văn, tăng cường sự xâm nhập mặn, tác động đến chất lượng nước và đời sống thuỷ sinh.
Trong giai đoạn xây dựng, mở rộng nâng cấp cảng, do quá trình nạo vét, phun lấp các khu vực rộng lớn, dưới tác động xói mòn của mưa và dao động của thủy triều lên sẽ dẫn đến làm tăng độ phù sa trong một thời gian dài và lượng phù sa này cũng góp phân làm tăng cường lắng đọng ở luồng tàu nạo vét.
Việc nạo vét luồng và khu nước trước bến với khối lượng lớn sẽ làm tăng độ đục của nước khu vực xung quanh và dải ven biển. Hoạt động nạo vét luồng gây nhiễm bẩn độ đục nước, ô nhiễm môi trường phát triển các sinh vật nhạy cảm như trứng cá, cá con, động vật và thực vật phù du. Sự khuấy đục, đổ bùn nạo vét còn có tác
động phá hủy, suy thoái habitat của sinh vật biển, ngoài ra còn phá hủy môi sinh của
hệ san hô, cỏ biển. Yếu tố này ít nhiều sẽ ảnh hưởng đến việc đánh bắt cá của ngư dân, ảnh hưởng đến chất lượng nước cung cấp cho các hồ, đầm nuôi trồng thuỷ sản, ảnh hưởng đến hệ sinh thái ven biển.
Quá trình nạo vét duy tu luồng trước cảng cũng gây những xáo trộn rất lớn đối với lớp trầm tích bề mặt. Các hoạt động này gây ra sự mất ổn định tạm thời trầm tích đáy. Vì một phần trầm tích này được lắng kết lại và hình thành từ các hạt sét và các mảnh vụn hữu cơ do khuấy trộn mạnh, chúng chuyển từng phần thành trạng thái lơ lửng. Nạo vét sẽ làm gia tăng hàm lượng các chất lơ lửng. Hoạt động này sẽ gây lắng tạm thời các chất lơ lửng ở gần các phương tiện nạo vét và chuyển bùn cát ảnh hưởng đến chất lượng nước.
Việc nạo vét cũng có thể làm chuyển dịch các các chất ô nhiễm trong trầm tích mà chủ yếu là các kim loại nặng và hydrocacbon, là loại có thể tích tụ trong cơ thể các sinh vật sống trong vùng nước cảng.