Cảng biển là nơi lưu chuyển toàn bộ khối lượng hàng hoá xuất nhập khẩu, phục vụ các vùng kinh tế trọng điểm, khu công nghiệp, góp phần duy trì tốc độ tăng trưởng tổng sản phẩm quốc gia (GDP) của nền kinh tế và thúc đẩy quá trình hội nhập kinh tế quốc tế.
Thông qua dự báo nhu cầu hàng hóa nên các cơ quan quản lý đã đưa ra được thứ tự ưu tiên đầu tư xây dựng, sửa chữa, nâng cấp và xây mới cảng biển. Những năm qua, trong tỉnh Khánh Hòa mặc dù có những thời điểm tăng đột biến về sản lượng hàng hóa qua cảng, nhưng không xảy ra tình trạng hàng hoá bị ứ đọng hoặc tàu phải xếp hàng chờ cập bến ở các cảng. Việc quy hoạch các cảng trong địa bàn tỉnh hợp lý, khoa học mặc dù một số cảng biển trọng tâm quốc gia như cảng trung chuyển Container quốc tế Vân Phong còn đang chậm tiến độ so với kế hoạch đề ra.
Trong từng khu vực Cam Ranh, Vân Phong, ngoài các cảng tổng hợp chủ lực của từng khu vực mang tính chiến lược của tỉnh, còn có các cảng vệ tinh để hỗ trợ cho hoạt động vận tải biển nói chung và giải quyết nhu cầu hàng hoá phục vụ cho việc phát triển kinh tế - xã hội của từng địa phương như cảng Xi măng Hà Tiên, cảng xăng dầu K720 đối với khu vực Cam Ranh, cảng Hòn Khói, cảng xi măng Nghi Sơn đối với khu vực Vân phong và cảng dầu Mũi Chụt, cảng Hải quân đối với khu vực Cam Ranh.
Tuy nhiên, ngoài những mặt đạt được thì hiện nay, việc quản lý hệ thống cảng biển tại Khánh Hòa còn chồng chéo, tình trạng các địa phương, các ngành xây dựng cảng nhỏ chuyên dùng có xu hướng tăng nhanh, chưa cân đối hợp lý về địa lý, thực trạng là cảng nhỏ thì nhiều, mà cảng lớn đáp ứng tàu chuyên dụng và tàu trọng tải lớn lại thiếu và hệ thống cảng biển Việt Nam đang cần được quy hoạch cả về mang lưới liên kết đồng bộ giao thông đường bộ và đường sắt, đường hàng hải ra và cảng biển để ổn định và góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế.
Cảng biển tỉnh Khánh Hòa được triển khai xây dựng và phát triển theo quy hoạch phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam đến năm 2020 và hiện nay việc quản lý và xây dựng hệ thống cảng biển Việt Nam đang còn nhiều tồn tại do điều kiện phát triển kinh tế, khả năng nguồn vốn đầu tư và cả ý muốn chủ quan của các doanh nghiệp, địa phương nên đang xảy ra tình trạng địa phương ven biển nào cũng muốn xây dựng cảng biển tại tỉnh và thành phố của mình. Việc xây dựng lại tiến hành thiếu sự hợp lý khoa học, dẫn đến nửa chừng thực hiện thì hết vốn, cảng biển phải đắp chiếu nằm chờ hoặc có xây xong thì chất lượng không đảm bảo và không có tàu vào làm hàng.
Hơn nữa, việc quản lý nhà nước trong lĩnh vực này hết sức phân tán: 05 cảng do các bộ ngành quản lý, 01 cảng do địa phương, 01 cảng do quân đội và 01 cảng do liên doanh quản lý. Điều này vừa cản trở công tác quy hoạch phát triển hệ thống cảng, vừa tạo ra sự cạnh tranh kiểu "quân ta đánh quân mình" về giá dịch vụ. Đặc biệt giá cước
thoả thuận bị giảm dưới giá thành làm cho các cảng chỉ đủ bù chi phí lao động, bộ máy quản lý không đủ tích luỹ để tái mở rộng theo quy mô đầu tư trang bị ban đầu.
Chính vì vậy cần phải tiến tời Nhà nước thống nhất quản lý cơ sở hạ tầng cảng biển là cần thiết sao cho Nhà nước vẫn giữ được vị thế quản lý, các doanh nghiệp vẫn có thể chủ động đầu tư, thu phí, hoàn vốn, tạo nguồn vốn tái đầu tư xây dựng cảng biển một cách năng động. Đồng thời bảo đảm được lợi thế của doanh nghiệp Nhà nước khai thác kinh doanh cảng biển trong cuộc cạnh tranh cùng với các đối tác khác.
Đánh giá chung:
- Hệ thống cảng biển Việt Nam nói chung, Khánh Hòa nói riêng hiện nay còn manh mún, tản mạn, trách nhiệm quản lý thuộc nhiều thành phần khác nhau,
- Quy mô của các cảng không lớn do đó rất khó đầu tư vào các lĩnh vực nhằm đảm bảo an toàn trong quá trình khai thác đặc biệt là lĩnh vực bảo vệ môi trường,
- Vấn đề quản lý còn chồng chéo do đó vấn đề quản lý môi trường tại các cảng biển rất khó khăn.
Trong thời gian gần đây hệ thống các cơ quan, ban ngành tham gia vào việc quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường biển đã tăng khá nhanh ở các cấp như: Ban Chỉ đạo quốc gia về biển và hải đảo ở cấp trung ương và một số tỉnh trọng điểm ven biển, lực lượng Cảnh sát biển, Cảnh sát môi trường, Sở tài nguyên và môi trường,... Tuy nhiên, trong triển khai thực hiện chức năng kiểm tra, giám sát, xử lý vi phạm liên quan đến bảo vệ môi trường còn một số vấn đề thiếu thống nhất, thiếu liên kết chặt chẽ giữa các cơ quan. Điều đó dẫn đến hiệu quả quản lý còn hạn chế và có sự chồng chéo hoặc bỏ trống quản lý nhà nước đối với một số vấn đề môi trường biển.