Chứng dương là trình tự DNA đắch được cho vào PCR mix để cho sản phẩm khuếch đại có kắch thước và trình tự giống hệt sản phẩm khuếch đại của của DNA đắch tách chiết từ bệnh phẩm. Chứng dương được cho vào PCR mix cho mỗi lần chạy PCR nhằm các mục đắch sau: (1) Kiểm tra độ nhạy của PCR mix còn tốt không nếu chứng dương được cho vào PCR mix với lượng tối thiểu vừa đủ để cho được sản phẩm khuếch đại phát hiện qua điện di. PCR được cho là đạt độ nhạy khi chứng dương cho kết quả dương và được phát hiện bằng các phương pháp điện di và không đạt độ nhạy khi cho kết quả âm tắnh. (2) Đối với PCR phát hiện sản phẩm khuếch đại bằng điện di thì kết quả điện di sản phẩm PCR của chứng dương sẽ cho vạch điện di đúng kắch thước mong đợi. Nhờ vậy người đọc kết quả có thể dễ dàng so sánh vạch điện di sản phẩm PCR của mẫu bệnh phẩm với vạch điện di của chứng dương để kết luận mẫu bệnh phẩm là dương tắnh (khi cho vạch điện di có kắch thước trùng với kắch thước vạch điện di của sản phẩm PCR chứng dương ) hay âm tắnh (khi cho vạch điện di không trùng với kắch thước vạch điện di của sản phẩm PCR chứng dương). (3) Đối với PCR phát hiện sản phẩm khuếch đại bằng phương pháp lai trên giếng ELISA (PCR-ELISA ) hay trên màng (PCR-blot hybridization ) thì kết quả phát hiện sản phẩm PCR của chứng dương còn cho phép người thực hiện thử nghiệm có thể kiểm tra hệ thống phát hiện có đạt hay không: Nếu chứng dương cho kết quả dương tắnh phát hiện được qua điện di mà phản ứng lai lại cho phản ứng âm tắnh thì có thể kết luận là hệ thống phát hiện bằng lai không đạt. (4) Tuy nhiên chứng dương cho PCR mix không kiểm tra được qui trình tách chiết nuclic acid từ mẫu có đạt hay không. Muốn kiểm tra được vấn đề này người thực hiện thử nghiệm phải có một mẫu bệnh phẩm đã biết trước dương tắnh hay một mẫu giả bệnh phẩm dương để thực hiện tách chiết nucleic acid mẫu này song song với các mẫu thật[9].
16
5.2 Chứng âm
Chứng âm là mẫu nước tinh sạch hay TE 1X được cho vào PCR mix. Chứng âm cho PCR mix nên cho vào một PCR mix cho mỗi lần chạy PCR, và cho vào cuối cùng sau khi đã cho mẫu và chứng dương vào các PCR mix tương ứng với các mục đắch sau: (1) Chứng minh thao tác cho mẫu và chứng dương vào các PCR mix không bị nhiễm chéo hay không bị nhiễm sản phẩm khuếch đại vì nếu chứng âm cho PCR mix cho kết quả dương sản phẩm khuếch đại thì thì có thể các thao tác trên bị nhiễm chéo hay ngoại nhiễm sản phẩm khuyếch đại. (2) Chứng minh PCR mix đang sử dụng là hoàn toàn tinh sạch không bị nhiễm các DNA ngọai lai vì nếu chứng âm lại có kết quả sản phẩm khuếch đại không đặc hiệu dương thì chứng tỏ PCR mix đã bị nhiễm các DNA ngoại lai. (3) Tuy nhiên chứng âm cho PCR mix không kiểm tra được toàn bộ qui trình thực hiện thử nghiệm PCR có bị ngoại nhiễm sản phẩm khuếch đại hay nhiễm chéo không. Muốn kiểm tra toàn bộ qui trình thực hiện thử nghiệm PCR thì người thực hiện thử nghiệm phải thực hiện qui trình PCR trên một mẫu thử đã biết trước âm tắnh và thực hiện song song với các mẫu bệnh phẩm[9].