Quy trình lên kế hoạch kiểm tốn khơng phải là một giai đoạn tách biệt và kết thúc mỗi khi giai đoạn thực hiện bắt đầu mà nó là một quá trình liên tục, xuyên suốt đợt kiểm tốn, tiếp tục thực hiện khi có thêm thơng tin được phân tích. Kế hoạch kiểm toán nội bộ cho từng cuộc kiểm tốn do Trưởng phịng kiểm tốn nội bộ lập lập trước khi bắt đầu thực hiện cuộc kiểm toán.
Trưởng Kiểm toán nội bộ lập kế hoạch kiểm toán nội bộ cho từng cuộc kiểm toán nhằm đảm bảo nguồn nhân lực của kiểm toán nội bộ được điều phối hợp lý và hiệu quả; đồng thời chỉ ra định hướng cơng việccho nhóm kiểm tốn trên cơ sở tuân thủ kếhoạch năm và kếhoạch quý. Và kế hoạch kiểm toán nội bộ cho từng cuộc kiểm tốn làm cơ sở để lập chương trình kiểm tốn.
Để lập được kế hoạch kiểmtoán nội bộ cho từngcuộc kiểm toán, Cơ quan kiểm toán nội bộ sẽ tiến hànhkhảo sát và thu thập thơng tin đơn vị được chọn kiểm tốn nhằm xác định những nội dung quan trọng cần tập trung kiểm tốn làm cơ sở để lập kế hoạch thích hợp nhằm giảm thiểu rủi ro kiểm toán. Kế hoạch kiểm toán nội bộ cho từng cuộc kiểm toán được lập bao gồm các nội dung cơ bản là: xác định đơn vị kiểm toán, lập kế hoạch về thời gian để kiểm toán các đơn vị; xác định mục tiêu kiểm toán; xác định phạm vi công việc; xác định nhu cầu sử dụng các nguồn lực bên ngồi.
Phạm vi cơng việc kiểm tốn phụ thuộc vào quy mơ của đơn vị được kiểm toán, mức độ phức tạp của công việc cần thực hiện và đánh giá rủi ro. Việc xác định phạm vi kiểm toán cần phụ thuộc vào lần thực hiện kiểm toán. Kiểm tốn lần đầu sẽ có khối lượng cơng việc nhiều hơn, thời gian dài hơn và tốn kinh phí hơn; kiểm tốn tồn diện tốn thời gian hơn kiểm tốn theo chuyên đề, kiểm toán đột xuất thời gian thường ngắn hơn kiểm toán định kỳ...
Việc xác định nhu cầu sử dụng các nguồn lực bên ngồi là một cơng việc quan trọng đảm bảo cho chất lượng của cuộc kiểm toán. Hiện tại nhân sự của Cơ quan Kiểm toán nội bộ rất thiếu so với nhu cầu thực hiện kiểm toán tại các đơn vị trong hệ thống. Tính đến năm 2010 Cơ quan Kiểm tốn nội bộ có 12 nhân sự. Ngồi ra Trưởng Kiểm tốn nội bộ cịn phải xác định các yêu cầu khác đối với cuộc kiểm toán như kỳ hạn kiểm tốn, ngày hồn thành, hình thức báo cáo cuối cùng...
Một bộ phận quan trọng của kế hoạch cho từng cuộc kiểm tốn là chương trình kiểm tốn. Chương trình kiểm tốn mơ tả phạm vi cơng việc thực hiện đối với những nội dung kiểm tốn nhằm đảm bảo cho cơng việc kiểm tốn được thực hiện theo đúng u cầu. Chương trình kiểm tốn hoạch định chi tiết những cơng việc cần thực hiện, thời gian hồn thành và trọng tâm là các thủ tục cần thực hiện khi kiểm toán.
Trên thực tế, Trưởng phịng kiểm tốn nội bộ có lập chương trình kiểm tốn chung cho cuộc kiểm tốn và chương trình kiểm tốn cụ thể cho từng nội dung và phần việc kiểm toán, tuy nhiên chưa quy chuẩn thành văn bản và chưa phổ biến, đào tạo cho các kiểm toán viên nội bộ mà chỉ phổ biến theo từng phần việc đã giao cho kiểm toán viên nội bộ theo từng cuộc kiểm tốn cụ thể.
Chương trình kiểm tốn được Trưởng Kiểm toán nội bộ lập riêng cho từng cuộc kiểm tốn mỗi chi nhánh.
Theo thơng lệ phổ biến thì nội dung chính của chương trình kiểm tốn bao gồm mục đích kiểm tốn từng phần, xác định các bước đi chi tiết, thu thập bằng chứng, phân tích đánh giá để đưa ra nhận xét, khuyến nghị, dự tính ngày hồn thành, bố trí nhân lực kiểm, theo đó các nội dung chủ yếu của chương trình kiểm tốn bao gồm:
Chi tiết các mục tiêu của cuộc kiểm toán, từng phần cơng việc kiểm tốn;
Nội dung kiểm toán;
Các thủ tục (phương pháp) kiểm toán được kiểm toán nội bộ dùng để thu thập bằng chứng, phân tích, diễn giải và ghi chép thơng tin trong cuộc kiểm tốn;
Nội dung, phạm vi và mức độ thử nghiệm cần thiết đạt được các mục tiêu kiểm toán trong mỗi giai đoạn của cuộc kiểm tốn;
Xác định các khía cạnh kỹ thuật, rủi ro, tiến trình các nghiệp vụ cần phải kiểm toán;
Xác định cụ thể về thời gian và số lượng nhân viên kiểm toán nội bộ; Các nguồn cung cấp bằng chứng kiểm tốn.
Ví dụ chương trình kiểm tốn chi tiết được lập cho một chi nhánh được trích dẫn ở Phụ lục số 2.1, rủi ro kiểm soát được đánh giá ở mức độ trung bình và chi nhánh được kiểm tốn về tín dụng vào tháng 3/2010. Theo chương trình kiểm tốn này đối chiếu với nội dung chủ yếu của một chương trình kiểm tốn đã trình bày trên cho thấy cơng tác lập chương trình kiểm tốn của Cơ quan Kiểm tốn nội bộ Ngân hàng TMCP Qn đội cịn đơn giản.
Tuy Cơ quan kiểm tốn nội bộ đã có chương trình kiểm tốn cho từng cuộc kiểm tốn, được cụ thể hóa cho phù hợp với quy mơ, đặc điểm hoạt động kinh doanh cũng như đánh giá ban đầu về rủi ro kiểm soát của từng đơn vị được kiểm toán, được lập chi tiết những cơng việc nhân viên kiểm tốn nội bộ cần làm, yêu cầu cụ thể về phạm vi, nội dung, tiến độ công việc để làm căn cứ cho nhân viên kiểm tốn thực hiện và tự kiểm tra cơng việc của mình, nhưng chương trình kiểm tốn do Trưởng phịng kiểm tốn lập ra lại khơng được văn bản hố và khơng hướng dẫn kiểm toán viên nội bộ chi tiết về phương pháp kiểm toán, thủ tục kiểm toán tiến hành, nội dung, phạm vi và mức độ thử
nghiệm cần thiết đạt được các mục tiêu kiểm toán trong mỗi giai đoạn của cuộc kiểm toán cũng như xác định các khía cạnh kỹ thuật, rủi ro, tiến trình các nghiệp vụ cần phải kiểm tốn, do đó sẽ gây khó khăn đối với các kiểm toán viên nội bộ trong khi thực hiện kiểm toán phần hành được giao.