121 Để pháp lý hóa mục đích biến nơi đây thành một nhà tù khổng lồ lưu đày những Để pháp lý hóa mục đích biến nơi đây thành một nhà tù khổng lồ lưu đày những người Việt Nam yêu nước, ngày 17-5-1916, Tồn quyền Đơng Dương ban hành nghị định thiết lập nội quy của nhà tù Cơn Đảo, trong đó có điều lệ quy định về việc nhà tù Cơn Đảo có quyền quản lý và sử dụng mọi tài sản ở Côn Đảo. Đồng thời cấm tất cả người dân, kể cả người châu Âu đến sinh sống tại đây134. Giám đốc nhà tù Cơn Đảo có mọi quyền hành đối với đảo này, là người điều hành tất cả hoạt động của nhà lao, quản lý về cả mặt hành chánh, cảnh sát (bao gồm cả hải cảnh) và tư pháp. Cùng với sự tàn bạo của chế độ tù đày, giám đốc nhà tù Cơn Đảo cịn được biết đến với danh xưng là “chúa đảo”.
Thực thi chính sách trên, từ năm 1930, thực dân Pháp cho di cư toàn bộ thường dân trên đảo về Bà Rịa. Đến năm 1936, Cơn Đảo hồn tồn vắng bóng người dân, chỉ cịn gia đình binh lính, nhân viên của chính quyền thực dân và tù nhân.
Từ năm 1862, việc quản lý và điều hành Cơn Đảo có các cơ quan: Tịa hịa giải rộng quyền; Ty Cảnh sát trưởng; Phòng lục sự - kế toán; Sở canh gác; Đội hiến binh (bảo vệ xung quanh nhà tù Côn Đảo, đảm bảo an ninh công cộng và giữ trật tự nhà lao); Sở điện tín và điện thoại (đảm bảo bí mật thơng tin liên lạc); Sở lâm nghiệp (trồng, khai thác rừng); Sở thanh tra nhà lao (thanh tra, kiểm tra nhà tù Côn Đảo).
Để điều khiển hoạt động của đảo và nhà tù Cơn Đảo, chính quyền thực dân thiết lập trung tâm hành chánh ngay tại khu vực rộng lớn nhất đảo. Một xí nghiệp đèn điện được xây dựng để cung cấp điện cho trung tâm và nhà tù Côn Đảo.
Hệ thống nhà tù ở Côn Đảo, các cơ sở giam giữ tù nhân được xây dựng dần từ năm 1862 gồm 3 trại giam và 15 sở khổ sai có giam nhốt tù nhân. Bước đầu, chỉ có 2 nhà ngục (số 1 và số 2). Trong các ngục, giường nằm được xây liền nhau bằng xi măng (riêng ngục số 3, giường nằm được xây riêng lẻ)135.
Ngục số 1, về nguyên tắc dành để giam các loại tù mang án thường phạm, riêng có 4 buồng giam dành cho tù chính trị và những người tù bị liệt vào thành phần “cá biệt”. Ngồi ra, tại ngục số 1 cịn có một khu hầm để giam những tù nhân đặc biệt nguy hiểm. Ngục số 2 được xây dựng để giam tù bị kết án câu lưu và lưu đày. Ở ngục số 2, tù nhân chia thành 2 nhóm đối lập, nhóm “Cộng sản” và nhóm theo “chủ nghĩa yêu nước”.