Nhật Bản là nền kinh tế lớn thứ 3 thế giới với GDP chiếm khoảng 10% GDP toàn cầu và có lĩnh vực logistics phát triển hàng đầu thế giới. Về mặt địa lý, Nhật Bản bao gồm hơn 5000 hòn đảo, nhưng phần lớn dân số tập trung sống trên 4 đảo lớn là Hokkaido, Honshu, Kyushu và Shikoku. Chính vì vậy, việc xây dựng hệ thống cơ sở hạ tầng giao thông vận tải bị hạn chế về diện tích, quy mô và chi phí đắt đỏ. Nhưng Nhật Bản đã xây dựng và phát triển một hệ thống kết cấu hạ tầng giao thông vận tải rất hiện đại, đặc biệt là hệ thống cầu vượt biển để liên kết các đảo trên toàn đất nước.
Ngay từ khi logistics được nghiên cứu và ứng dụng trong kinh tế và kinh doanh trên thế giới, Nhật Bản đã xác định một trong những vấn đề cấp thiết của đổi mới kinh tế là cần thiết lập được hệ thống logistics hiện đại và hiệu quả toàn diện nhằm tăng năng lực cạnh tranh quốc tế của các doanh nghiệp Nhật Bản cũng như mang lại lợi ích kinh tế xã hội cho quốc gia. Chính sách phát triển logistics đầu tiên được Chính phủ Nhật Bản triển khai từ năm 1997. Năm 2005, để nhanh chóng có những giải pháp hiệu quả phù hợp với những xu hướng biến động của thị trường, Chính phủ Nhật Bản ban hành chương trình phát triển logistics mới với tên gọi The New Comprehensive Program of Logistics Policies (2005 – 2009), trong đó hướng đến 2 mục tiêu cơ bản: Thiết lập một hệ thống logistics tiên tiến, hiệu quả toàn diện nhằm thực hiện một xã hội cạnh tranh quốc tế và Thiết lập một hệ thống logistics để có thể giải quyết hiệu quả các vấn đề xã hội và môi trường [12].
Các nhóm giải pháp chủ yếu Nhật Bản thực hiện trong chương trình này là: Đầu tư nâng cấp và hiện đại hóa kết cấu hạ tầng logistics, bao gồm cả đường bộ, đường sắt, đường hàng không và hệ thống cầu cảng. Phát triển và
nâng cao hiệu quả mạng lưới vận tải biển quốc tế. Phát triển và nâng cao hiệu quả hoạt động logistics hàng không nhằm nâng cao năng lực cạnh tranh quốc tế… Chính phủ cũng lựa chọn những vị trí thuận lợi gần các tuyến giao thông huyết mạch nối liền các thành phố lớn để xây dựng các trung tâm logistics và kho vận. Các kho chứa hàng được xây dựng gần các cảng biển lớn, có hệ thống giao thông vận tải thông suốt và cung cấp nhiều dịch vụ đa dạng như kho lạnh, kho giữ ấm, kho đặc dụng cho các mặt hàng đặc biệt… Phát triển và nâng cao hiệu quả các hoạt động logistics giữa các vùng thông qua việc đảm bảo kết nối các phương thức vận tải, kết nối các hòn đảo lớn của đất nước bằng hệ thống cầu và đường hầm vượt biển được xây dựng hết sức hiện đại, tiên tiến [44].
Khuyến khích phát triển công nghệ thông tin phục vụ logistics thông qua đầu tư hiện đại hóa công nghệ thông tin, khuyến khích máy tính hóa các dữ liệu, đầu tư phát triển hệ thống trao đổi dữ liệu điện tử (EDI), hệ thống định vị toàn cầu (Global Positioning System – GPS), khuyến khích phát triển thương mại điện tử.
Về tạo dựng môi trường kinh doanh, chính phủ Nhật Bản thực thi chính sách giảm thiểu sự can thiệp trực tiếp của chính phủ vào hoạt động kinh doanh của các doanh nghiệp cung ứng dịch vụ logistics, đơn giản hóa các thủ tục liên quan đến giao nhận, vận tải, hải quan…, ban hành các tiêu chuẩn, hệ thống mã vạch… tạo điều kiện thuận lợi và giảm chi phí liên quan đến vận tải, bốc dỡ hàng hóa [61]. Ngoài ra, chính phủ Nhật Bản còn thực thi các biện pháp nhằm phát triển và nâng cao hiệu quả các hoạt động logistics đô thị; phát triển các loại hình dịch vụ mới…
Nhờ vậy, Nhật Bản hiện nay được đánh giá là một trong những quốc gia có trình độ phát triển logistics hàng đầu thế giới. Thị trường 3PL của Nhật Bản chiếm tới 40% toàn bộ khu vực châu Á – Thái Bình Dương, đạt tới quy mô gần 2 nghìn tỷ yên năm 2012.