III. Số doanh nghiệp có sai phạm về giá chuyển nhượng
Về phương pháp và kỹ năng thanh tra
Thanh tra giá chuyển nhượng hiện tại vẫn chủ yếu đi vào phân tích, đối chiếu, so sánh và truy lần trên sổ sách kế toán và hoá đơn chứng từ của doanh nghiệp mà chưa bao quát được tất cả các hoạt động kinh tế phát sinh của doanh nghiệp, chưa theo kịp diễn biến và sự phát triển nhanh chóng của các loại hình doanh nghiệp, các lĩnh vực kinh doanh trong nền kinh tế. Các phương pháp thanh tra giá chuyển nhượng đã được phổ biến rộng rãi cho cán bộ thanh tra thuế các cấp nhưng vẫn khó áp dụng trong thực tế. Khi áp dụng các phương pháp này để xác định lại giá chuyển nhượng thường gặp phải sự phản đối của NNT, trong một số trường hợp NNT khởi kiện ra toàn hành chính cơ quan thuế đã không bảo vệ được kết luận thanh tra của mình và phải bồi thường cho NNT (TP. Hồ Chí Minh 2 vụ,
Bình Dương 1 vụ) Do đó, hoạt động thanh tra giá chuyển nhượng hiện tại vẫn mới đang ở trong giai đoạn khởi đầu, hoạt động thanh tra giá chuyển nhượng thường được lồng ghép trong các cuộc thanh tra khác mà chưa được thực hiện một cách độc lập.
Kiến thức về kinh tế ngành, kỹ năng phân tích hoạt động, phân tích chức năng của doanh nghiệp trong chuỗi sản xuất toàn cầu của cán bộ, thanh tra, kiểm tra thuế còn rất yếu.
Toàn ngành chưa chú trọng soạn thảo các tài liệu hướng dẫn nghiệp vụ thanh tra giá chuyển nhượng. Sổ tay thanh tra giá chuyển nhượng do Tổng cục Thuế chủ trì soạn thảo mặc dù được các chuyên gia thuế Nhật Bản giúp đỡ xây dựng nhưng vẫn chưa thể hoàn thành, hiện mới chỉ xây dựng được đề cương chi tiết nên chưa thể tập huấn cho cán bộ thanh tra, kiểm tra thuế.