Bất kỳ hệ thống kiểm soát nội bộ nào, dù đã được đầu tư nhiều trong thiết kế và vận hành tốt đến đâu đi nữa thì cũng chỉ cung cấp một sự đảm bảo hợp lý đạt được các mục tiêu của đơn vị, hạn chế tối đa những sai phạm, chứ không đảm bảo một cách tuyệt đối. Do hệ thống kiểm soát nội bộ được xây dựng bởi con người, vận hành theo ý chí chủ quan của con người, phụ thuộc vào năng lực làm việc và tính đáng tin cậy của con người. Do đó hệ thống kiểm sốt nội bộ sẽ khơng tránh khỏi những hạn chế tiềm tàng xuất phát từ những nguyên nhân sau:
- Hệ thống kiểm soát nội bộ do cấp quản lý thiết kế để kiểm sốt nhân viên, do vậy sẽ khơng phát hiện, ngăn ngừa được những hành vi gian lận hoặc sai sót của nhà quản lý cấp cao gây ra, họ có thể tìm cách bỏ qua các thủ tục kiểm soát cần thiết để che giấu hành vi sai phạm của mình.
- Những hạn chế vốn có xuất phát từ bản thân con người như sự vô ý, thiếu thận trọng, bất cẩn, đãng trí khi thực hiện chức năng, nhiệm vụ; việc ra quyết định sai do thiếu thông tin, bị áp lực trong công việc hay bị sức ép từ cấp trên; sai lầm trong việc đánh giá hay ước lượng, hoặc không hiểu rõ yêu cầu của công việc, hiểu sai sự chỉ dẫn của cấp trên hoặc các báo cáo của cấp dưới; việc thay thế cho người khác, đảm nhiệm công việc tạm thời…
- Hệ thống kiểm sốt nội bộ khơng bao quát được những rủi ro không lường trước, khơng thể nhận dạng hết tồn bộ các rủi ro vì vậy cũng khơng thể đánh giá sự tác động của chúng một cách chính xác.
- Phạm vi của kiểm soát nội bộ bị giới hạn bởi chi phí. u cầu thơng thường của các nhà quản lý là chi phí bỏ ra cho hoạt động kiểm sốt phải nhỏ hơn giá trị thiệt hại ước tính do sai sót và gian lận gây ra. Việc phản ứng với rủi ro và các hoạt động giám sát cũng phải đảm bảo rằng chi phí bỏ ra khơng được vuợt quá lợi ích thu được.
- Phần lớn tác dụng của kiểm sốt nội bộ là phân cơng phân nhiệm, nếu có sự thơng đồng giữa các nhân viên hay với các bộ phận bên ngồi thì kiểm sốt nội bộ khơng cịn tác dụng nữa.
- Phần lớn các thủ tục kiểm soát nội bộ thường được thiết lập cho các nghiệp vụ thường xuyên, lặp đi, lặp lại, hơn là các nghiệp vụ không thường xuyên, do đó những sai phạm hay gian lận trong các nghiệp vụ này thường hay bị bỏ qua.
- Điều kiện hoạt động của đơn vị thường xuyên thay đổi nên dẫn tới những thủ tục kiểm sốt bị lạc hậu khơng cịn phù hợp.
…
Do hệ thống kiểm sốt nội bộ ln tồn tại những hạn chế tiềm tàng nêu trên và các thủ tục của hệ thống kiểm sốt xây dựng nhằm mục đích kiểm sốt việc thực hiện các mục tiêu đã đề ra, chưa đáp ứng được yêu cầu về đánh giá và quản trị rủi ro. Vì vậy Nhà quản lý phải thường xuyên đánh giá lại hệ thống kiểm soát để điều chỉnh , thay đổi cho phù hợp và xây dựng hệ thống kiểm soát theo hướng quản trị rủi ro.