Ngoài những ưu điểm trên, công ty cũng đang tồn tại những khuyết điểm để sớm khắc phục nhằm nâng cao khả năng cạnh tranh của sản phẩm cà phê Mê Trang, đồng thời nâng cao hiệu quả kinh doanh của công ty trong thơig gian tới.
- Sự ảnh hưởng, uy tín của Mê Trang trên thị trường trong nước còn hạn chế. - Nguyên liệu đầu vào cho sản xuất sản phẩm cà phê rang bộ và cà phê hòa tan chất lượng còn thấp.
- Công nghệ máy móc, thiết bị mặc dù hàng năm công ty đều dành một phần vốn lớn cho đầutư mua sắm, nâng cấp, sửa chữa máy móc, thiết bị (năm 2007:1,5 tỷ đồng,
năm 2008: 2.5 tỷ đồng, năm 2009 : 60 tỷ do xây dựng nhà máy mới,mua máy móc mới ) nhưng vẫn không thể thay thế hoàn toàn những máy móc, dây chuyền cũ, lạc hậu. - Hiện nay các sản phẩm cà phê bột và cà phê hòa tan của công ty đang chế biến theo tiêu chuẩn ISO 9002, nhưng vẫn chưa có chứng nhận của một tiêu chuẩn nào, mặc dù trong ngành thực phẩm vấn đề an toàn vệ sinh thực phẩm và các tiêu chuẩn như : ISO,HACCP,…. Điều này ảnh hưởng mạnh đến tính cạnh tranh của các sản phẩm này, làm hạn chế sự mở rộng của sản phẩm trên thị trường trong cũng như ngoài nước.
- Nguồn nhân lực của công ty:chất lượng lao động của công ty tương đối thấp, do đặc thù của ngành chế biến thực phẩm, công nhân sản xuất hầu hết có trình độ phổ thông, không cần qua đào tạo tay nghề nên năng suất lao động chưa cao. Đồng thời, hiện nay, tại công ty số lượng lao động ở cấp quản lý còn thiếu, nhu cầu tuyển dụng khá cao, do công ty mở rộng sản xuất và mở rộng thị trường, mặc khác công tác tuyển dụng nhân sự còn sơ sài, do đó chất lượng nhân sự giảm đáng kể, làm giảm khả năng cạnh tranh của công ty.
- Công tác marketing: hoạt động nghiên cứu chủ yếu phụ thuộc phòng kinh doanh, hệ thống kênh phân phối công ty còn hạn chế.
- Hệ thống thông tin nội bộ giữa các phòng ban trong công ty còn chậm, chưa có sự đồng bộ giữa các phòng ban, gây ra tình trạng không thống nhất các mục tiêu giữa các phong ban trong công ty.
- Sản phẩm công ty có hình thức tuy đa dạng, mẫu mã tương đối nhưng dừng lại ở các kiểu dáng truyền thống mà các doanh nghiệp nào trong ngành cũng có, do đó chưa tạo được ấn tượng cho khách hàng trong mẫu mã, kiểu dáng cho sản phẩm.
- Ngoài nguồn vốn tự có do cổ đông đóng góp, công ty còn phải vay thêm ngân hàng số vốn tương đối lớn, điều này ảnh hưởng lớn đến hoạt động kinh doanh của Công ty khi lãi suất thị trường biến động.