Học viện Quân y (tiền thân là Trường Quân y sĩ Việt Nam, Thành lập ngày 10/3/1949) trực thuộc Bộ Quốc Phòng. Ra đời trong những năm đầu của cuộc kháng chiến chống Pháp, vừa chiến đấu, vừa giảng dạy, vừa học tập cán bộ, học viên Nhà trường đã vượt qua mọi hy sinh, gian khổ đào tạo cho Quân đội nhiều thầy thuốc tham gia bảo vệ sức khoẻ bộ đội, cứu chữa thương bệnh binh trong các chiến dịch: Biên giới, Tây Bắc, Điện Biên Phủ ... Góp phần vào chiến công chung của dân tộc trong thắng lợi vẻ vang của cuộc kháng chiến chống Pháp.
Sau ngày miền Bắc giải phóng, năm 1958, phối hợp với Trường Đại học y Hà Nội đào tạo các khóa Bác sĩ Quân y đa khoa đầu tiên, Bệnh vện 103 hợp nhất về Trường sĩ quan Quân y và trở thành bệnh viện thực hành của Nhà trường. Trong cuộc Kháng chiến chống Mỹ, với điều kiện chiến tranh vô cùng ác liệt, cán bộ - chiến sĩ, thầy - trò Nhà trường đã khắc phục mọi khó khăn gian khổ đào tạo cho Quân đội trên 4000 Bác sĩ - Dược sĩ bậc đại học. Hàng chục đội điều trị của nhà trường có mặt trên hầu khắp các chiến trường cứu chữa thương binh. Nhiều đồng chắ sẵn sàng hy sinh tắnh mạng của mình để bảo vệ sức khoẻ của đồng chắ, đồng đội. Nêu những tấm gương sáng về phẩm chất tốt đẹp của anh Bộ đội cụ Hồ và người thầy thuốc Quân y.
Sau ngày đất nước thống nhất, Nhà trường tiếp tục có bước phát triển lớn về quy mô và loại hình đào tạo. Năm 1975, triển khai Đào tạo Bác sĩ Chuyên khoa I; năm 1979, đào tạo Tiến sĩ; năm 1980, đào tạo Bác sĩ Chuyên khoa II; là một trong những Trường Đại học đầu tiên của cả nước
triển khai Đào tạo Sau đại học. Nhà trường hoàn thành hàng ngàn đề tài nghiên cứu khoa học có giá trị. Nhiều đề tài được ứng dụng rộng rãi cứu chữa thương binh, điều trị người bệnh như: Điều chế thuốc chống sốt rét, thuốc điều trị bỏng, điều trị vết thương do hoả khắ Ầ
Trong sự nghiệp đổi mới, trước yêu cầu của nhiệm vụ xây dựng Ngành Quân y, đáp ứng mục tiêu xây dựng Quân đội cách mạng, chắnh quy, tinh nhuệ, từng bước hiện đại, ngày 16.12.1981, trên cơ sở Trường Đại học Quân y, Bộ Quốc phòng quyết định thành lập Học viện Quân y. Đến nay, Học viện có bước phát triển lớn về tổ chức biên chế và chất lượng đội ngũ cán bộ. Hiện nay, Học viện Quân y có 10 Phòng trực thuộc, 2 Bệnh viện thực hành (Bệnh viện Quan y 103 và Viện Bỏng Lê Hữu trác), Trường Trung cấp Quân y I, 5 hệ quản lý học viên, 7 trung tâm và gần 100 Bộ môn - Khoa. Trên 90 % cán bộ, giảng viên của Học viện đạt trình độ sau đại học, trong đó có 156 Tiến sĩ; 5 Nhà giáo được tặng Danh hiệu Nhà giáo Nhân dân; 6 Thầy thuốc được tặng Danh hiệu Thầy thuốc Nhân dân; 29 Nhà giáo được tặng Danh hiệu Nhà giáo Ưu tú; 100 thầy thuốc được tặng Danh hiệu Thầy thuốc Ưu tú; 36 cán bộ làm công tác giảng dạy, nghiên cứu khoa học được phong Giáo sư và 102 cán bộ được phong Phó Giáo sư.