Trong toàn hệ thống, hoạt động quản trị rủi ro còn kém xa các chuẩn mực quốc tế. Trong khi nhiều nước trên thế giới đang áp dụng các tiêu chuẩn an toàn hệ thống của Basel 3 thì theo đề án cơ cấu lại các tổ chức tín dụng giai đoạn 2011-2015 thì cuối năm 2015 TCTD mới đạt mức vốn tự có đủ để bù đắp rủi ro tín dụng, rủi ro thị trường và rủi ro tác nghiệp theo quy định của Basel II. Quản trị rủi ro không theo kịp quá trình tăng trưởng nóng và đây là một trong những nguyên nhân chính dẫn đến hàng loạt những tồn tại của thị trường ngân hàng hiện nay. Sự kiện ngày 20/08 liên quan đến ngân hàng ACB, một ngân hàng được đánh giá cao về năng lực quản trị và chất lượng dịch vụ lại càng khiến công chúng thực sự lo lắng về nhân sự và quản trị của các ngân hàng. Khả năng quản trị rủi ro yếu kém tại các NHTM đã khiến cho những tác động tích cực của sở hữu chéo không được phát huy mà ngược lại, còn gây ra những ảnh hưởng tiêu cực. Ngoài ra còn có tình trạng bất chấp rủi ro, dựa vào các mối quan hệ, gây áp lực để cho vay các khoản tín dụng không an toàn đã càng làm trầm trọng hơn những ảnh hưởng của sở hữu chéo.
Riêng vấn đề quản trị công ty trong các ngân hàng thương mại, các nghiên cứu đánh giá định tính (Hạ Thị Thiều Dao, 2012) và định lượng (Lê Vĩnh Triển và Nguyễn Đức Thịnh, 2012) đều cho rằng quản trị công ty dù đã trở nên ngày càng phổ biến và ngày càng có nhiều văn bản điều chỉnh. Nhiều NHTM đã áp dụng các mô hình quản lý hiện đại, tiến gần hơn đến mô hình quản lý của các ngân hàng trên thế giới và phù hợp hơn với bối cảnh đầy biến động của thị trường tài chính trong và ngoài nước. Tuy nhiên, nhưng trong lĩnh vực ngân hàng các văn bản vẫn còn nhiều bất cập và việc chế tài chưa đủ mạnh khiến cho các ngân hàng thương mại Việt Nam chưa thực sự quan tâm dẫn đến có điểm quản trị công ty kém nhất so với các ngành khác. Nghiên cứu của IFC (2012) được thực hiện trên 100 doanh nghiệp niêm yết lớn nhất trên HSX và HNX, đánh giá chất lượng năng lực quản trị dựa theo một nhóm tiêu chí, điểm số càng cao thì chất lượng quản trị càng tốt. Theo đánh giá của tổ chức này, điểm số chung của Việt Nam là 42,7%, thấp hơn mức trung bình của IFC và thấp hơn nhiều nước trong khu vực. Trong đó lĩnh vực tài chính (bao gồm cả bất động sản) với 43%.
Hình 2.14: Chấm điểm quản trị trong lĩnh vực tài chính năm 2012
Nguồn: IFC (2012)
Quan trọng hơn, xuất phát từ mâu thuẫn lợi ích cốt lõi giữa vấn đề chủ sở hữu và người thực hiện (principal agent problem), tại một số ngân hàng có cổ phần chi phối của Nhà nước, những quyết định quản trị được đưa ra không thật sự phù hợp với thông lệ phục vụ lợi ích của cổ đông. Tình huống về cho vay các dự án thủy điện hoặc Vinashin của BIDV phân tích trong Mục 2.3.2.1 cho thấy mặt trái của việc NHNN chịu sự chỉ đạo của Chính phủ trong việc cho phép các NHTMNN vi phạm quy định bảo đảm an toàn hoạt động. Hơn thế nữa, theo Minh Đức (2010), chỉ riêng một Vinashin không trả được nợ vay đã làm 38 ngân hàng chủ nợ gặp khó khăn. Trong đó Habubank đã phải sáp nhập vào SHB. Tóm lại, mặc dù hệ thống ngân hàng Việt Nam đã có một bước huyển biến mạnh mẽ trong quá trình cổ phần hóa hơn mười năm qua, nhưng gần như cơ chế quản trị không có sự thay đổi đáng kể nào.