II. RT-PCR KHUẾCH ĐẠI ĐOẠN ADN GEN E1 VIRÚT RUBELLA
3. Quy trình ứng dụng phần mềm “BioNumerics Tree and Netword Inference”.
Inference”.
Chức năng chính của Phần mềm “BioNumerics Tree and Netword Inference” là phân tích các cơ sở dữ liệu được chọn lựa. Trung tâm của chức năng phân tích là cửa sổ “Comparison window”. Cửa sổ này hiển thị một cách tổng quan toàn diện tất cả
các thí nghiệm, cho phép lựa chọn và so sánh các dữ liệu của thí nghiệm với bất kì các dữ liệu khác. Với chức năng này, “Comparison window” cho phép tính toán và hiển
14
3.1. Vẽ cây phả hệ phân loại genotyp dựa trên trình tự ADN.
3.1.1. Vào BioNumerics, chọn thư mục chủ đã nạp trình tự ADN lựa chọn. Ví dụ: ADN Rubella.
3.1.2. Chọn lựa dữ liệu trình tự ADN đã nhập trong thư mục chủ bằng cách đồng thời
ấn Ctrl và ấn con trỏ chuột vào phía trước các trình tự ADN chọn lựa, mũi tên sẽ hiện ra trước những trình tự này.
3.1.3. Chọn Comparisons > Create new comparison (ALT+C) hoặc ấn nút từ
công cụ Comparison panel. Cửa sổComparisonswindow được tạo ra cùng với các cơ sở dữ liệu đã chọn lựa.
3.1.4. Tính toán ma trận cặp nhóm tương tự bằng cách chọn Clustering> Calculate > Cluster analysis hoặc ấn và chọn
3.1.5. Giữ lại các cài đặt như đã mặc định ấn <NEXT> để tính toán các ma trận và hình ảnh cây phả hệ (dendrogram).
15
do chưa được tính toán gióng cột thẳng hàng (multiple alignment) (Hình 3.1.5) 3.1.6. Chọn Sequence > Multiple sequence alignment hoặc ấn
Giữ lại các cài đặt như mặc định và ấn <OK> để bắt đầu multiple alignment. 3.1.7. Chọn File > Print preview. Chỉnh sửa cây cho cân đối, ấn Print để in
3.2. Vẽ cây phả hệ dựa trên dữ liệu Fingerprint.
3.2.1. Mở dữ liệu DemoBase từ danh mụctrong Starup screen của BioNumerics và ấn nút .
3.2.2. Chọn lựa dữ liệu Fingerprint đã nhập vào các mục trong thư mục chủ bằng cách
đồng thời ấn Ctrl và ấn con trỏ chuột vào phía trước mục chọn lựa, mũi tên sẽ hiện ra trước những mục này.
3.2.3. Chọn Comparisons > Create new comparison (ALT+C) hoặc ấn nút từ
công cụ Comparison panel. Cửa sổComparisonswindow được tạo ra cùng với các cơ sở dữ liệu đã chọn lựa.
3.2.4. Tính toán cặp giá trị tương đồng với hệ số tương đồng bằng cách ấn Clustering> Calculate > Cluster analysis hoặc ấn và chọn .
3.2.5. Ấn <NEXT> để chấp nhận tất cả các thiết lập.
3.2.6. Ấn <NEXT> trong hộp thoại Comparison settings để bắt đầu phân tích nhóm. Khi phân tích nhóm được hoàn thành, dendrogram xuất hiện trong bảng
Dendrogram và ma trận tương tự xuất hiện trong bảng Similarities. (Hình 3.2.7)
16
Các thiết lập của phân tích nhóm được chỉ ra phía trên bảng Similarities.
3.2.7. Ấn trên thanh công cụđể hiển thị gel trong cửa sổ Experiment data. 3.2.8. Chọn File > Print preview. Chỉnh sửa cây cho cân đối, ấn Print để in.
Tài liệutham khảo
1. BioNumerics. Quick Guide. Version 5.1. http://www. Applied-maths.com
2. BioNumerics. Manual. Version 6.0. Copyright © 1998. 2009. Applied Maths