Với yêu cầu của dự án giữ nguyên hiện trạng rừng không làm ảnh hưởng đến môi trường sống của quần thể rừng nên khi có những cây khô, cây gãy, chết trong rừng thì một số hộ dân đã theo thói quen truyền thống từ trước đã chặt và mang về tận dụng làm củi đốt. Tuy sau nhiều lần đã được trưởng nhóm nhắc nhở tình trạng trên đã không còn tái diễn.
Một số hộ dân còn cho rằng tuy bán rừng có FSC giá cao hơn nhiều so với rừng không FSC nhưng bắt buộc phải đầu tư thời gian và công sức tham gia từ khi chặt cây cho đến khi vận chuyển tới nơi tiêu thụ. Và theo họ thì cứ bán theo kiểu truyền thống kia sẽ dễ dàng hơn và đỡ mất nhiều thời gian dù kinh phí bán được có ít hơn. Việc này ảnh hưởng không nhỏ tới việc quản lý nhóm của người trưởng nhóm và các thành viên hỗ trợ vì thiếu sự tham gia nhiệt tình của các chủ hộ. Đối với các hộ đã khai thác, hầu hết trưởng nhóm và thành viên hỗ trợ tham gia khai thác cùng với các thành viên nhóm để đảm bảo việc giám sát chất lượng và nguồn gốc gỗ. Trong khi đó việc tham gia này lại không có kinh phí, chỉ mang tính tự nguyện do đó sự nhiệt tình của người nhóm trưởng cũng dần dần giảm đi.
Việc quản lý hồ sơ, tài liệu khai thác rừng theo các tiêu chuẩn FSC là vấn đề mới, đòi hỏi có trình độ về kế toán, tin học nên vượt quá khả năng của các nhóm. Cần có sự hỗ trợ cho việc quản lý và lập hồ sơ khai thác rừng. Nếu không việc lập và quản lý hồ sơ của các nhóm sau khi khai thác rừng sẽ gặp nhiều khó khăn. Như bác Hồ Đa Thê trưởng nhóm bến Ván đã trao đổi: “Dù đã đi tập huấn nhiều về quản lý hành chính, tài liệu của nhóm nhưng không thể làm nổi do số lượng giấy tờ ghi chép quá nhiều, nội dung thì phức tạp, ghi chép nhiều lần vẫn có sự nhầm lẫn, là người trưởng nhóm thì phải có tiếng nói ở thôn nhưng bên cạnh đó thì cũng phải có trình độ về cả chuyên môn và nhiều lĩnh vực khác như tin học văn phòng, quản lý sổ sách hồ sơ...Mặc dù tuổi tác cũng đã vào ngũ tuần nhưng bác vẫn miệt mài học hỏi để hoàn thành tốt nhiệm vụ”. Đây là sự khó khăn về hành chính cần phải được cải cách đảm bảo việc đầy đủ thông tin nhưng không quá phức tạp gây khó khăn cho những người quản lý nhóm, đặc biệt là những người dân chưa có kiến thức và trình độ về quản lý hành chính. Ngoài ra cũng phải có những chế độ bồi dưỡng cho công sức bỏ ra của các trưởng nhóm hay những người giữ các vị trị trong nhóm mặc dù không nhiều nhưng cũng có thể khích lệ thêm tinh thần của người lãnh đạo.
Thời tiết, địa hình là các yếu tố khách quan nhưng ảnh hưởng không nhỏ đến việc quản lý nhóm, bằng chứng là khi đến thời kỳ khai thác hoặc trồng rừng thông thường vào mùa mưa, đi lại vận chuyển khó khăn, tốn kém và mất nhiều thời gian. Việc này ảnh hưởng đến tiến độ khai thác, chất lượng gỗ khai thác và chất lượng cây con khi trồng.