Một là, công tác quản lý, điều hành chi ngân sách của huyện Tiên Du còn chưa hợp lý.
Cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với các cơ quan quản lý nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập chưa được thực hiện hiệu quả, nên chưa tạo quyền chủ động trong huy động các nguồn lực cũng như cơ sở vật chất để tổ chức dịch vụ ngày càng đa dạng. Từ đó, chất lượng hoạt động sự nghiệp không được nâng cao, thu nhập của cán bộ, công chức, viên chức cũng thấp.
Quan hệ phối hợp giữa phòng Tài chính – Kế hoạch, Chi cục Thuế và Kho bạc nhà nước huyện chưa thực sự chặt chẽ. Để quản lý và sử dụng có hiệu quả các khoản chi NSNN rất cần sự phối hợp chặt chẽ giữa cơ quan phân bổ giao dự toán (cơ quan Tài chính) và cơ quan kiểm soát việc xuất quỹ NS (KBNN).
Bên cạnh đó, một số định mức chi NSNN còn chưa thực sự hợp lý. UBND tỉnh Bắc Ninh đã ban hành Quyết định số 153/2010/QĐ-UBND ngày 10/12/2010 về định mức phân bổ dự toán chi thường xuyên NSĐP năm 2011 và thời kỳ ổn định NS 2011-2015. Đến năm 2016, HĐND tỉnh Bắc Ninh đã ban hành Nghị quyết số 24/2016/NQ- HĐND18 ngày 08/12/2016 về định mức phân bổ dự toán chi thường xuyên NSĐP thời kỳ ổn định ngân sách 2017-2020. Hệ thống định mức phân bổ dự toán đã đầy đủ, cụ thể hơn. Tuy nhiên, một số nội dung chi không có định mức cụ thể mà chỉ quy định một tỷ lệ % nhất định, ví dụ, chi sự nghiệp giáo dục, đảm bảo tỷ lệ chi tiền lương, phụ cấp và các khoản đóng góp theo lương 82%, chi khác 18%... Điều này gây khó khăn
trong việc quyết định giao dự toán và ảnh hưởng tới sự khách quan, công khai, công bằng trong chi NSNN.
Cơ chế phân bổ nguồn lực tài chính dựa vào định mức cũng bộc lộ một số bất cập. Các định mức hiện tại đều tính toán theo đầu vào, không ràng buộc trách nhiệm đối với người sử dụng về kết quả hoạt động do NS tài trợ. Hơn nữa, hệ thống định mức chi dễ bị lạc hậu do biến động giá cả, lạm phát. Một số định mức Trung ương quy định chung cho cả nước, không phù hợp với tỉnh Bắc Ninh nói chung và huyện Tiên Du nói riêng.
Hai là, quy trình lập, chấp hành và quyết toán NSNN còn chưa phù hợp với điều kiện của huyện
Lập dự toán chi NSNN chưa dự báo đầy đủ chính xác các yếu tố tác động lên quá trình chi NSNN cấp huyện như: môi trường kinh tế, chính trị, văn hóa, xã hội… Dự toán được lập chủ yếu là ngắn hạn, căn cứ theo định mức đầu vào, do đó không tạo điều kiện đánh giá, xem xét sự phân bổ nguồn lực gắn kết với kế hoạch 5 năm và chiến lược phát triển KT-XH 10 năm của huyện, bởi vì các kế hoạch này thường hướng đến các chỉ tiêu đầu ra. Các thông số về đầu ra cũng như về kết quả sử dụng NS chưa được quan tâm nên thiếu động lực xây dựng dự toán NS gắn với thực tế.
Do tâm lý dựa nhiều vào điều chỉnh dự toán nên đơn vị sử dụng NS chưa đầu tư đúng mức cho xác lập căn cứ, phương pháp lập dự toán khoa học, cụ thể. Hiện tại, việc lập dự toán cao do mong muốn được phân bổ nhiều; hơn nữa việc lập dự toán lại căn cứ theo định mức đầu vào nên có xu hướng đề ra nhiều nhiệm vụ không cần thiết dẫn đến lãng phí, không khuyến khích sử dụng NS tiết kiệm. NS được lập hằng năm vừa tốn thời gian, nhân lực và tiền bạc, vừa không dự liệu hết các biến cố trung hạn có thể ảnh hưởng đến dự toán. Ở một số đơn vị, việc lập dự toán NS năm sau dựa trên cơ sở dự toán năm trước và có tăng lên một ít. Việc dự toán chi thường xuyên tách rời dự toán chi ĐTPT cũng gây nên các khoản chi trùng lặp, ví dụ chi quản lý phí. Trong dự toán cũng chưa có hệ thống các tiêu chí thích hợp để xác định thứ tự ưu tiên trong phân bổ chi tiêu NSĐP.
Đối với dự toán chi thường xuyên, thực hiện dự toán vượt rất nhiều so với dự toán được giao. Điều này cho thấy, huyện chưa đẩy mạnh thực hiện xã hội hóa, huy động
nguồn lực xã hội cho phát triển các hoạt động sự nghiệp. Cơ chế tự chủ tài chính của các đơn vị sự nghiệp công lập trên địa bàn huyện vẫn còn ở mức độ thấp, đó là tự chủ tài chính đối với đơn vị tự bảo đảm một phần chi thường xuyên (do giá, phí dịch vụ sự nghiệp công chưa kết cấu đủ chi phí, được Nhà nước đặt hàng, giao nhiệm vụ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công theo giá, phí chưa tính đủ chi phí).
Chi ĐTPT của huyện chiếm tỷ trọng rất nhỏ trong tổng chi NSĐP và giảm dần qua các năm. Quá trình lập dự án đầu tư còn nhiều bất cập dẫn đến một số công trình được thiết kế với chất lượng thấp, trong quá trình thi công phải dừng lại để điều chỉnh, dẫn đến tăng tổng mức đầu tư nhiều lần, khiến các cơ quan quản lý bị động trong việc cân đối vốn hàng năm, tiến độ thi công chậm. Một số báo cáo quyết toán có chất lượng thấp, phải chỉnh sửa nhiều lần. Nhiều công trình hoàn thành đưa vào sử dụng nhiều năm mới lập hồ sơ quyết toán hoặc chưa thực hiện quyết toán vốn đầu tư theo quy định. Việc giám sát, đánh giá sử dụng vốn đầu tư chưa sâu sát dẫn đến chất lượng một số công trình thấp.
Trong giai đoạn thực hiện đầu tư một số dự án việc khảo sát, lập thiết kế kỹ thuật chưa đảm bảo, dẫn tới phải sửa đổi, bổ sung. Công tác đấu thầu theo Luật đã được quan tâm, song đôi khi vẫn còn mang tính hình thức. Việc tính toán xác định giá trị chỉ định thầu của chủ đầu tư, trong nhiều trường hợp, chưa chính xác, chất lượng công tác đấu thầu chưa cao. Công tác nghiệm thu nhiều khi còn sơ sài, chưa đảm bảo đầy đủ thủ tục theo quy định. Chất lượng công trình chưa được quản lý một cách chặt chẽ, nhiều công trình chất lượng kém, mau xuống cấp. Chất lượng công tác tư vấn giám sát chưa cao, nhiều đơn vị tư vấn giám sát không có mặt tại hiện trường đúng theo quy định của hợp đồng, chất lượng giám sát kém.
Ba là, năng lực trình độ của cán bộ quản lý NSNN còn nhiều hạn chế
Đội ngũ cán bộ công chức, viên chức huyện cơ bản đạt chuẩn trình độ chuyên môn nghiệp vụ, tin học theo các chức danh, vị trí đảm nhiệm. Tuy nhiên, một số công chức cán bộ ở xã, thị trấn còn bộc lộ nhiều hạn chế trong chuyên môn nghiệp vụ dẫn đến quản lý chi ngân sách cấp mình còn nhiều sai sót. Các chế độ chính sách mới về ngân
sách chưa được cán bộ quản lý NSNN cập nhật kịp thời. Một số cán bộ được bố trí công việc chưa phù hợp với chuyên môn.
Bốn là, chất lượng công tác kiểm soát chi qua hệ thống Kho bạc nhà nước còn chưa được nâng cao
Nhiều thủ tục hành chính trong công tác kiểm soát chi NS còn cứng nhắc, nên được cải cách, đảm bảo chặt chẽ mà không cứng nhắc. Quy trình công tác về kiểm soát chi thường xuyên và chi ĐTPT chưa được ban hành cụ thể về hồ sơ thủ tục cần phải có khi giao dịch, chưa được niêm yết công khai tại nơi giao dịch, gây khó khăn cho cán bộ trực tiếp giao dịch của đơn vị sử dụng ngân sách.
Năm là, công tác thanh tra, kiểm tra tài chính trong đầu tư XDCB và chi tiêu tài chính chưa được tiến hành thường xuyên
Việc kết luận, xử lý sai phạm còn chưa nghiêm minh, còn nể nang. Đây là một nguyên nhân có ảnh hưởng rất lớn đến quản lý chi NSNN chưa hiệu quả,vì thực tế hiện nay cán bộ có chức, có quyền vi phạm trong quản lý chi NS có dấu hiệu ngày càng tăng, trong khi số người bị phát hiện và xử phạt rất ít. Chưa có cơ chế rõ ràng, cụ thể để thực hiện việc giám sát đầu tư của cộng đồng, đoàn thể nhân dân với chi đầu tư XDCB từ NSNN. Việc triển khai thực hiện quy chế dân chủ chưa được quan tâm dúng mức, còn mang tính hình thức, chưa thực hiện đầy đủ nguyên tắc công khai tài chính.