Kiểm soát tổ chức, hoạt động chính quyền xã được hiểu là hoạt động xem xét, theo dõi, đánh giá, những biện pháp mà thông qua đó có thể ngăn ngừa, loại bỏ những nguy cơ, những việc làm sai trái của cơ quan chính quyền xã, của cán bộ, công chức xã trong việc tổ chức và thực thi nhiệm vụ, quyền hạn của mình nhằm thực hiện đúng mục đích mong muốn và đạt được hiệu quả cao. Kiểm soát tổ chức, hoạt động của chính quyền xã rất rất quan trọng và cần thiết. Một bộ máy nhà nước trong sạch, hiệu quả có xu hướng phát triển nhanh, ổn định và bền vững chỉ khi quyền lực nhà nước trao cho được kiểm soát và thực hiện đúng đắn bởi nếu bộ máy đó không được kiểm soát rất dễ đến tình trạng lạm quyền, tha hóa quyền lực trong việc tổ chức, hoạt động của các cơ quan chính quyền xã. Thậm chí một số cán bộ, công chức xã thay mặt nhân dân nắm giữ và thực hiện quyền lực nhà nước nhưng lại lợi dụng
quyền lực được giao vào mục đích vụ lợi hoặc vì mục đích cục bộ; một số cán bộ, công chức xã do năng lực, trình độ hạn chế nên đã mắc sai lầm trong việc đưa ra những quyết định làm ảnh hưởng tới lợi ích của các tổ chức, cá nhân.
Hiện nay, việc kiểm soát tổ chức, hoạt động của chính quyền xã được thực hiện bởi nhiều chủ thể, thông qua hình thức, phương tiện với những nội dung và quy trình kiểm soát khác nhau ở các thời điểm khác nhau. Việc kiểm soát có thể được tiến hành từ bên ngoài, cũng có thể từ bên trong; có thể kiểm soát công khai, kiểm soát ngầm; kiểm soát giai đoạn, kiểm soát liên tục; có thể giản đơn, có thể phức tạp thông qua cơ chế kiểm soát. Chính quyền xã hiện nay được kiểm soát bởi hai cơ chế: kiểm soát của nhân dân (các tổ chức nhà nước và cá nhân không phải nhà nước) và kiểm soát bởi tổ chức nhà nước, với cơ chế kiểm soát của nhà nước trong đó pháp luật là yếu tố quan trọng và cần thiết. Cơ chế này được pháp luật quy định rất chặt chẽ, chính xác các chủ thể có thẩm quyền kiểm soát, đối tượng, nội dung, hình thức, quy trình, hậu quả pháp lý …của việc kiểm soát.. Vậy hoạt động kiểm soát được thực hiện bởi nhiều hình thức như giám sát, thanh tra, kiểm tra, kiểm sát việc tổ chức và hoạt động các cơ quan nhà nước.
Giám sát là hoạt động theo dõi, xem xét, đánh giá có tính bao quát của chủ thể bên ngoài hệ thống đối với khách thể thuộc hệ thống. Hoạt động do các chủ thể là cá nhân, công dân, các tổ chức chính trị xã hội thực hiện đối với cơ quan chính quyền địa phương như cử tri giám sát đại biểu HĐND xã, Mặt trận tổ quốc ở xã, các tổ chức thành viên của MTTQ ở xã giám sát đối với hoạt động quản lý nhằm bảo đảm sự tuân thủ pháp luật, kỷ luật trong quản lý nhà nước của UBND xã.
Ngoài việc giám sát, các cơ quan chính quyền xã còn phải tiến hành thanh tra, kiểm tra trong việc thực hiện quyền lực nhà nước. Hiến pháp quy định: Chính phủ tổ chức công tác thanh tra, kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo của công dân, chống quan liêu, tham nhũng trong bộ máy nhà nước; Chính quyền địa phương chịu sự kiểm tra, giám sát của cơ quan nhà nước cấp
trên tại Điều 112 Hiến pháp 2013. Thanh tra được hiểu là sự xem xét từ bên ngoài vào hoạt động của một đối tượng nhất định nhằm phát hiện, ngăn chặn pháp luật trái với quy định. Thanh tra tổ chức, hoạt động chính quyền xã là quá trình xem xét, kiểm tra của cơ quan nhà nước cấp trên (thanh tra tỉnh, thanh tra huyện) đối với việc thực hiện nhiệm vụ quyền hạn của cơ quan chính quyền xã. Tuy nhiên trên thực tế thì hoạt động kiểm tra được diễn ra phổ biến hơn so với hoạt động thanh tra, bởi kiểm tra là hoạt động xem xét tình hình thực tế để đánh giá, nhận xét quá trình thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của cơ quan chính quyền xã hoạt động có tính hiệu quả hay không.
Hiện nay bản thân các cơ quan chính quyền xã phải tự kiểm soát mình và kiểm soát lẫn nhau trong việc thực hiện quyền lực nhà nước. Việc kiểm soát này có tác dụng để giữ các cơ quan chính quyền xã luôn duy trì được mối quan hệ nội tại với nhau với tư cách là bộ phận của một bộ máy nhà nước, đảm bảo sự thống nhất về cơ cấu tổ chức, về mục tiêu hoạt động của cả bộ máy nhà nước, giúp cho bộ máy nhà nước tránh được những nguy cơ đe dọa phá vỡ tính thống nhất và sự vận hành có hiệu quả cao trong hoạt động quản lý nhà nước ở địa phương. Mặt khác việc kiểm soát còn bảo đảm sự hợp lý trong việc phân công về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan chính quyền xã sao cho phù hợp với những yêu cầu của quá trình thực hiện quyền lực nhà nước trong bộ máy nhà nước thống nhất. Kiểm soát còn để thực hiện sự phối hợp về chức năng, nhiệm vụ giữa các cơ quan chính quyền xã trong quá trình thực hiện chức năng, nhiệm vụ, mục tiêu chung của cả bộ máy nhà nước nhằm duy trì sự kiểm soát, chế ước, phát hiện và xử lý kịp thời những biểu hiện không đúng, không hiệu quả trong việc thực hiện quyền lực nhà nước của mỗi cơ quan, nhân viên nhà nước hoặc của các thiết chế khác khi tham gia thực hiện quyền lực nhà nước.
Đổi mới, nâng cao chất lượng công tác kiểm tra, giám sát đối với công tác cán bộ chính quyền xã là cần thiết. Xây dựng quy chế tiếp nhận, xử lý những ý kiến đóng góp, phản biện xã hội của Ủy ban Mặt trận Tổ quốc, các tổ
chức chính trị - xã hội và của nhân dân trong việc góp ý, nhận xét, đánh giá, phê bình. Ðổi mới và thực hiện tốt chế độ bỏ phiếu tín nhiệm nhất là các chức danh chủ chốt do Hội đồng nhân dân xã bầu; cần xây dựng “văn hóa từ chức”, thôi chức, miễn chức những cán bộ không hoàn thành nhiệm vụ.