Mỗi ngân hàng đều xác định rõ các mục tiêu mà hệ thống kiểm soát nội bộ cần đạt được đối với mỗi nghiệp vụ. Nhà quản trị sẽ xây dựng một hệ thống các quy định, quy trình tác nghiệp và tổ chức thực hiện nghiệp vụ để đạt được mục tiêu. Có thể chia các mục tiêu kiểm soát nghiệp vụ thành ba nhóm:
- Mục tiêu thông tin: Đảm bảo hệ thống thông tin tài chính và thông tin quản lý trung thực, hợp lý, đầy đủ và kịp thời. Ngân hàng phải có được một hệ thống sổ sách, hồ sơ, báo cáo tài chính và báo cáo hoạt động đầy đủ, chính xác, kịp thời và phù hợp với chuẩn mực và chếđộ kế toán để cung cấp chính xác nội dung của các báo cáo tài chính cho Ban điều hành ngân hàng, cho các cơ quan chức năng giám sát ngân hàng và các đối tác bên ngoài khi cần thiết. Thông tin gửi tới ban điều hành và các đối tượng khác phải đáng tin cậy, đầy đủ và trung thực để họ có thể dựa vào thông tin này ra quyết định quản lý, điều hành hoặc tác nghiệp đúng đắn. - Mục tiêu tuân thủ: hệ thống kiểm soát nội bộ trước hết phải đảm bảo hợp lý việc chấp hành pháp luật và tuân thủ các quy chế, quy trình nghiệp vụ và quy định nội bộ, ngăn chặn và phát hiện, xử lý kịp thời các sai sót và gian lận. Bên cạnh đó, kiểm soát nội bộ còn phải hướng mọi thành viên trong đơn vị vào việc tuân thủ các chính sách, quy định nội bộ của đơn vị, qua đó đảm bảo đạt được những mục tiêu của đơn vị.
- Mục tiêu hoạt động: hệ thống kiểm soát nội bộ giúp ngân hàng quản lý và sử dụng nguồn tiền gửi an toàn và hiệu quả, bảo mật thông tin tiền gửi đảm bảo quyền lợi của khách hàng, nâng cao uy tín cho ngân hàng mở rộng thị phần huy động vốn và thực hiện các chiến lược kinh doanh. Từđó, ngân hàng có khả năng kiểm soát và phòng ngừa được các rủi ro có thể xảy ra trong hoạt động quản lý, điều hành.